如何查询一个基因和某一个通路的相关性

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前几天一个小伙伴问：怎么查看一个基因和某一个通路之间的相关性。这里就简单的提供一个可能的解决办法，供有相同需求的小伙伴参考。

这里我们就假设我们想要查看ACE2和Cell Cycle信号通路之间有没有关系。对于这样的目的，我们第一步肯定是要查询两者在之前的研究当中是否有关系。

1. 确定之前的研究结果

对于之前研究结果的确定的话，我们可以通过genecards来查询。genecards当中总结了这个基因应该参与哪些经典的通路。在genecards里面汇总了KEGG等多个通路数据库当中的信息。所以在这里，我们基本上能清楚这个基因主要是参与哪些基因。

关于genecards的介绍，可以看我们的以往帖子： genecards介绍(一) ； genecards介绍(二)

经过查询，我们发现基于这个基因本身的功能，它和Cell Cycle信号通路是没有关系的。

2. 确定基因和信号通路内的基因的关系

经过上面的查询，我们发现这个基因并不参与细胞周期信号通路的调控。那这个基因不参与这个通路并不能代表这个基因和通路内的基因没有关系。因此，我们查看查看这个基因和通路内的基因是否存在关系。那么首先第一步，就是需要知道通路内都有哪些基因。

2.1 查询通路内的基因

我们可以通过KEGG等通路数据库来查询某一个通路内的基因都有哪些。这里我们推荐另外一个通路查询数据库: PathCards(https://pathcards.genecards.org/)。这个数据库和我们刚刚提到的genecards是一个机构的。这个数据库汇总了KEGG等多个数据库的一个综合性通路查询数据库。

在这个数据库，我们输入Cell Cycle即可获得符合检索条件的通路，进一步的我们可以看到这个通路内都有哪些基因。

就这样，我们就获得了目标通路的所有基因了。

2.2 蛋白相互作用分析

在我们获得基因之后，最基本的相互作用分析，能想到的就是我们之前介绍的蛋白相互所有分析(PPI)，我们可以把获得的基因内的所有基因以及目标基因(ACE2)，统一放到STRING里面，就可以查看ACE2和其他基因有没有关系了。具体STRING的使用以及网络分析，可以看我们之前的帖子: 相互作用网络分析基础 ； STRING数据库介绍

经过分析，我们发现，ACE2只是在文本挖掘的结果当中与CDK4基因可能存在相互作用关系。这个结果照这个情况来看，还不是特别确定。因此在目前的蛋白相互相互作用的层面，有可能这这个基因和细胞周期相关基因是没有关系的。

2.3 共表达分析

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