基于线粒体细胞色素氧化酶b (cytb) 全基因序列分

作者：杨超月

我国是世界上的养兔大国之一，目前我国家兔饲养量已达7亿多只，占世界上饲养量的40%以上[]。家兔的饲养主要集中在山东、四川、重庆、河北、江苏、浙江、河南、安徽、山西、黑龙江、福建等省区[]，这些地区跨越不同的气候类型，且中间有许多山川和河流阻挡。这些地区所饲养的兔品种较多，根据经济类型可分为肉兔、獭兔、毛兔、毛肉兼用兔以及皮肉兼用兔。兔痒螨病是我国养兔业中常见的外寄生虫病之一，兔的感染率可高达70.0%[]，该螨病可造成兔体重减轻、饲料转化率降低、免疫功能低下等，严重的甚至死亡，给养兔业造成巨大的经济损失[-]。

近年来，随着分子生物学的迅速发展，核糖体和线粒体基因常作为分子标记，被应用于各物种的系统发育和种类鉴定研究。核糖体DNA因有高度保守性的特点，很难区分同种异株[]，而线粒体DNA具有母系遗传，进化速度快，相对于核糖体基因有较高的突变率的特点，常用于分析亲缘关系较近的种、亚种及地理种群间的系统关系[-]。目前，已报道用于痒螨种类鉴定的基因有ITS-2、18S和COI基因，认为源自不同地区或同一地区兔和羊的痒螨虫株属于同一虫种[-]，而我国四川地区兔和水牛来源的痒螨虫株属于不同种[-]。痒螨可寄生于多种宿主体上，且分布广泛[-]，目前尚未见不同宿主和不同地理来源兔痒螨虫株的遗传变异研究。据研究发现，寄生虫和宿主在漫长的进化过程中，面对外界环境的变化或隔离，使一个分布相对较广的原始物种破裂，可能形成两个姊妹种[]。因此，本研究将对采自我国温带和亚热带的6个省份共68株獭兔来源 (陕西、河北、河南和湖北) 和肉兔来源 (山东和四川) 的痒螨虫株的线粒体cytb基因全序列进行扩增，探讨我国不同兔品种、不同温度带和不同地域来源的兔痒螨之间的遗传变异程度，以期待获得我国兔痒螨遗传多样性和遗传结构资料。

1 材料与方法 1.1 兔痒螨的采集

从我国6个省10个地区采集兔痒螨虫株68个，具体采集地点和样本数如下：四川省31个 (成都11个、雅安3个、资阳7个、眉山3个、西昌7个)、陕西省宝鸡市8个、湖北省荆州市9个、河南省开封市5个、河北省保定市8个和山东省济南市7个。虫体均采自临床上自然感染痒螨病的肉兔或獭兔 ()。采样点的6个省属于温带和亚热带气候，且采集点之间的地理距离340~1 760 km。收集的痒螨经形态学鉴定后[]，置于70%的酒精中，存于－20 ℃待用。

表 1(Table 1)

表 1 兔痒螨样品采集情况和遗传多样性指数 Table 1 Samples collection and genetic diversity indexes of Psoroptes cuniculi

种群
Population 兔品种
Varieties of rabbit 温度带
Temperature zone 样品数/单倍体数
No. of isolates/haplotype 单倍型多样性 (Hd)
Haplotype diversity 核苷酸多样性 (π)
Nucleotide diversity 中性检验
Neutrality tests
Tajima’s D Fu’s Fs
河北HE 獭兔温带 8/8 1.000 0 0.013 9 0.229 67 －1.360 83
河南HN 獭兔温带 5/4 0.900 0 0.001 5 －1.093 80 －1.404 78*
山东SD 肉兔温带 7/7 1.000 0 0.011 7 0.092 12 －1.132 18
陕西SX 獭兔温带 8/6 0.892 9 0.010 9 －0.131 68 1.306 07
湖北HB 獭兔亚热带 9/7 0.916 7 0.002 0 －1.843 61* －3.452 23**
四川SC 肉兔亚热带 31/21 0.944 1 0.012 6 0.083 24 －2.681 53
整体种群 68/46 0.959 2 0.012 0 －0.444 01 －1.454 25
HN. Henan; SC. Sichuan; HE. Hebei; SD. Shandong; HB. Hubei; SX. Shaanxi
*. 0.01 < P < 0.05;**. 0.001 < P < 0.01

表 1 兔痒螨样品采集情况和遗传多样性指数 Table 1 Samples collection and genetic diversity indexes of Psoroptes cuniculi

1.2 DNA的提取、PCR扩增和测序