Nature 子刊被撤稿,这个问题连知名专家也不能幸



Nature Methods 曾发表了一篇题为「Unexpected mutations after CRISPR-Cas9 editing in vivo」的文章,作者通过研究得出结论「CRISPR-Cas9 技术可引发基因组上发生数百个意想不到的的基因突变」。

论文一发出引起轩然大波,多位科研人员分析完论文后发现,该研究在方法和逻辑上存在缺陷,纷纷发文质疑。Editas Medicine 和 Intellia Therapeutics 科研团队科学家也认为结论错误,写信给该杂志,要求将该论文撤稿。

Nature Methods 杂志对争议进行了回应,发表了几篇文章对原始研究进行批评,同时经过四名独立审稿人的审查后正式撤回了该论文。决定发出后不久,原始研究的科学家进行了回应,发表了一篇预印本文章,概述了后续研究,表明原始结果无法复制。「对经过 CRISPR 基因编辑的小鼠的进一步全基因组研究发现,没有多余的脱靶突变」,此次事件终于落下尾声。

这件事情虽然解决了,但在 CRISPR 研究中脱靶效应仍然不容忽视,毕竟单个 sgRNA 还是可以产生数十个脱靶位点。你知道有什么办法可以有效检测脱靶吗?

1、 Digenome-seq

2、 CIRCLE-seq

3、 SITE-Seq

4、 全都是

答案

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正确答案:4、 全都是

答案解析:针对脱靶的检测,细胞外的检测方法有:Digenome-seq、CIRCLE-seq、SITE-Seq。

除此之外,还有针对细胞内的检测方法,想了解更多吗,继续关注文章吧。

检测脱靶治标不治本,那么有什么办法可以避免脱靶效应?虽然行业资深学者都难以避免,但我们可以结合研究方法,从以下几个方面进行优化。

提高 sgRNA 特异性:在设计 sgRNA 序列时,可选择 GC 含量在 50%~70%,与靶基因序列之外的基因组 DNA 同源性较低的 sgRNA 序列。

控制 Cas9-sgRNA 用量:通过控制 Cas9 蛋白或 sgRNA 的表达量来减少脱靶效应。

改造 Cas9:通过对野生型 Cas9 进行改造提高 CRISPR-Cas9 系统的特异性。

选择合适的递送载体:利用 Cas9/sgRNA 核糖核蛋白(ribonucleoproteins,RNPs)递送系统不会在被编辑的细胞基因组中插入外源 DNA 序列,可有效减少脱靶效应。

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