海归博士研发全新预测平台，可实现1分钟精准预

作者：张馨予

距离 AlphaFold2 刷屏学术圈已经一月有余，当时施一公在 DeepTech 独家专访中的“金句”也被频频引用，他评价 AlphaFold2 称：“依我之见，这是人工智能对科学领域最大的一次贡献，也是人类在 21 世纪取得的最重要的科学突破之一。”

中国工程院院士李国杰在《中国科学报》的评论文章中，也引用了这句话，但他同时表示：“ 目前我国的大学和企业的人工智能实验室大多遇到顶天顶不了、立地又落不下去的困境。”

与此同时，国内一家知名研究院的院长告诉 DeepTech，中国并非没有能力做到 AlphaFold，而是缺乏布局。

8 月 30 日，归国博士王鲁泉担任联合创始人的信华生物公布了一款VibrantFold 平台，其可用于抗体结构预测，并基于该公司的 Bumblebee 深度学习框架。

图 | 为纳米抗体的实验解析结构与 VibrantFold 预测结构对比（来源：受访者）

据悉，在创办该公司之前，王鲁泉是金斯瑞集团创始人、也是该公司基因密码子优化算法的共同发明者。1996 年，其博士毕业于美国新泽西州罗格斯大学。

他告诉 DeepTech，在从事生物信息工作之前，自己是传统分子生物学家。读博期间，就开始用代码解决生物学数据的分析问题。

毕业后，王鲁泉进入一家世界 500 强药企先灵葆雅（Schering-Plough），该公司在大分子药物的布局和研发上都比较领先，期间他参加了基于功能遗传学、药物基因组学、转录组学的系统性靶点发现平台的建设，并把这些平台应用于多个治疗领域的靶点发现的合作研究中，特别是该公司代表性药物之一的Zetia的靶点发现，推动了脂代谢生物学的进步。此外，他还曾担任纽约哥伦比亚大学医学信息学分析硕士讲师。

2003 年，他和当时在先灵葆雅一起工作的同事Frank共同回国，创立了金斯瑞。作为一家医药研发合同外包服务机构（CRO），该公司旨在为生物医药研发提供高质量、低成本的定制生物试剂服务。

图 | GenScript 官网（来源：资料图）

2015 年，金斯瑞在香港上市，后来在一切进入正轨后，王鲁泉决定换一个战场去追逐对于科研和信息技术的兴趣。

他告诉 DeepTech：“我逐渐看到了人工智能技术的巨大进步，以及其将为药物研发行业带来的革命浪潮的到来。生物学和制药学都非常复杂，信息技术表达的是这些学科的逻辑，而最终主宰故事的还是生物学本身。这几年，我全力投入到信息技术在制药研发当中的应用。信华对生物学的精准理解，以及对大分子药物工程的研究做了很多的努力和尝试。”

图 | 王鲁泉（来源：受访者）

VibrantFold：绝大多数抗体结构的预测可在 1 分钟内完成

谈及相比 AlphaFold2 和 RoseTTAFold，VibrantFold 有哪些优势，王鲁泉告诉DeepTech：“AlphaFold2 和 RoseTTAFold 都是非常出色的基于 AI 的结构预测软件，非常适合一次性结构预测，比如靶点结构预测。而 VibrantFold 主要聚焦于抗体及抗体无序区的结构，聚焦于抗体虚拟筛选的应用而生。

其主要优势有两点：第一是速度，VibrantFold 的速度及成本提升多个数量级，以满足大量虚拟筛选的需要；第二是解决了双链抗体的问题，由于大部分抗体是双链的，因此双链抗体的结构预测比单链抗体更困难。而双链问题需要解决双链间 PPI（ protein protein interaction，蛋白质相互作用）的问题，而恰好 VibrantFold 能把双链抗体正确折叠出同样的精度。”

图 | 双链抗体的实验解析结构与 VibrantFold 预测结构对比（来源：受访者）

在公布该成果的部分消息之前，VibrantFold 也和 AlphaFold2 和 RoseTTAFold 一同进行了内测，并通过比较预测结构和实验结构的差异性，对以上三个结构预测平台进行评分。

在内测中，VibrantFold 对于绝大多数抗体结构的预测可以在 1 分钟内完成，其预测精准度经过了结构生物学家的测评和验证。