重磅！确认过眼神，是我需要的组学联合分析

作者：王韵壹、李英、熊慧卿

师兄：师妹，怎么了，看你这两天都不开心的样子？

师妹：愁啊，文章还没写完，下个月就要送审了。之前做了转录组和蛋白组分析，可是不知道怎么把它们联合深入挖掘，总感觉差那么一点点。

师兄：别急别急，好像前几天有销售过来说，欧易生物的组学联合分析叒升级了，这个公司很靠谱，之前咱们老板跟他们合作过的，专业技术过硬，售后应答反馈及时，而且作图结果可直接用于文章发表。

师妹：哇，那我有救了！我和欧易生物的销售联系下~

组学联合分析

大升级

下面就和我们的小师妹一起来看看这次升级的内容吧~！

流程图

重磅！确认过眼神，是我需要的组学联合分析

点击查看大图

本次升级主要体现在以下几个方面：

一、联合分析覆盖范围更为广泛

1. 增加ChIP-seq和表达谱联合分析

重磅！确认过眼神，是我需要的组学联合分析

展开全文

1.1.1 BETA软件分析流程[1]

图为BETA软件分析流程。第一步:分析差异表达数据和ChIP-seq结合数据，来预测因子激活或抑制基因的表达情况。第二步：通过上调或下调预测直接靶基因。第三步：进行Motif分析以识别促进上调或下调的辅因子。

重磅！确认过眼神，是我需要的组学联合分析

1.1.2转录因子或者染色质调节因子的调控潜能预测

图中红色及紫色曲线分别代表上调基因、下调基因;黑色虚线代表未差异表达基因，作为背景。其中横轴代表调控潜能从高到低排列累积的基因数目；纵轴为基因累计比率。同时通过KS-检验（Kolmogorov-Smirnov test）来计算上调基因，下调基因与未差异表达基因的差异显著性，pvalue值见图注中upregulate及downregulate后标注数值。若上调基因累计比率显著高于下调基因以及背景，说明该转录因子或者染色质调节因子具有激活功能；若下调基因累计比率显著高于上调基因以及背景，说明该转录因子或者染色质调节因子具有抑制功能；若上调基因累计比率与下调基因累计比率相当，且显著高于背景，说明该转录因子或者染色质调节因子同时具有激活和抑制功能。

重磅！确认过眼神，是我需要的组学联合分析

1.1.3 Motif分布示意图

2. 增加lncRNA/miRNA和甲基化（WGBS）联合分析

重磅！确认过眼神，是我需要的组学联合分析

1.2.1 差异基因和甲基化四象限图

图中红色表示差异表达RNA的FoldChange在2倍以上的负相关位点，蓝色表示差异表达RNA的FoldChange在2倍以上正相关的位点。

重磅！确认过眼神，是我需要的组学联合分析

1.2.2 mRNA/lncRNA/miRNA 上下游甲基化水平的profiling分析

图中横坐标为基因区域，纵坐标表示甲基化水平。

3. 增加CNV和表达谱联合分析

重磅！确认过眼神，是我需要的组学联合分析

1.3.1 CNV和表达量关联图

图中横坐标为基因表达量，纵坐标为CNV拷贝数。

二、已有联合分析模块内容更为丰富

1.转录组和蛋白组关联

（1）差异基因和蛋白的相关性分析

重磅！确认过眼神，是我需要的组学联合分析

2.1.1.1差异基因和蛋白相关性分析[2]

图中展示的是在差异基因和蛋白一一对应关系下，对所有相关性的结果进行绘图的结果。横轴为相关性系数数值范围，纵轴为相关性系数密度分布。每一个柱子代表在对应相关性系数范围内的关系对的分布，柱子越高代表在该系数范围内的概率密度越大，即关系对越多。同时展示了密度分布曲线图，曲线图越高则对应的概率密度越大。黄色代表负相关，蓝色代表正相关。

重磅！确认过眼神，是我需要的组学联合分析

2.1.1.2 差异基因和蛋白KEGG注释前六个 pathway占比及其相关性[2]