转录组建库起始量及不同建库试剂盒的系统比较
转录组建库起始量及不同建库试剂盒的系统比较
2022-04-07 09:44 来源: 鹿明生物
原标题：转录组建库起始量及不同建库试剂盒的系统比较
前言
随着二代测序技术的发展，转录组测序的应用越来越广泛。RNA seq是一个开放的平台，因为它不依赖基因组注释或预先定义的物种特异性探针进行转录检测，因此允许检测已知和新的转录本，包括突变体和稀有转录本以及基因的融合及可变剪切等信息。
随着技术的成熟，RNA-seq技术正越来越多地用于临床应用。例如，最近的乳腺癌指南支持使用基于mRNA测序结果的预后分析结合其他临床病理因素一起协助治疗。这些分析还可以提供一系列人类疾病如发育障碍，神经退行性疾病和癌症等相关的由可变剪切或结构变异导致的转录本变化。因此，RNA-seq很可能在不久的将来从一种发现工具过渡到一种具有临床应用价值的诊断工具，如患者分层、诊断和个性化治疗。
但是由于多种因素的影响，生产高质量的文库和数据就成为一项具有挑战性的任务。例如实验过程中rRNA的去除，FFPE样本抽提的RNA质量较差，流式分选细胞和少量组织的RNA量很低等因素都会影响后续的实验结果。当使用上述样本进行建库时，生产高质量的RNA-seq文库和高质量测序结果会存在一定的困难。
本文系统比较了三种RNA建库试剂盒（TruSeq，SMARTer和Ultra-Low SMARTer）及不同的RNA起始量的建库及测序情况，并做了系统的比较。
表1 | 三种试剂盒比较
PC：PCR循环数。对于超低量RNA建库试剂盒，第一位数字是LD-PCR（第一步）的循环数，第二位数字是PCR（第二步）的循环数。
所使用的RNA为人RNA，
A组：Human Universal Reference Total RNA；
B组：RNA from a pool of normal human brain tissues；
C组：=75% A+25% B；
D组：=25% A+75% B。
实验结果
数据质量
（1）数据产出
图1 | 各个文库的数据产出
从上图可知，在预期数据产出一致的情况下，RiboZ_sstotSmarter _10ng的数据产出是最少的。其次是RiboZ_sstotSmarter_100ng，其它几种文库的数据产出数据差异不大。
（2）基因组比对率
图2 | 基因组比对率
从上图可知无论使用多少RNA起始实验，sstotSmarter建库的基因组比对率普遍偏低。其它几种文库的基因组比对率都很高。
（3）dup率
图3 | 文库dup率
从图3可知，dup率最高的是RiboZ_sstotSmarter_10ng的文库，其dup值高达90%多，其次是RiboZ_sstotSmarter_10ng，平均dup值在60%以上。
（4）文库插入片段长度
图4 | 文库插入片段长度
从图4可知，文库片段插入长度在各个试剂盒间差异不大
（5）检测到的元件比例
图5 | 检测到的元件比例
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