基础研究Gene/Pathway分析神器

作者：杨超月

　　基础研究的小伙伴整天都要和基因，信号通路打交道，为了搞清楚各种关系，得查好多好多文献。

　　而一说到查文献，始终是科研人员头痛的一件事儿，一大堆英文文献，你可能看的泪流满面抓耳挠腮。

　　某一天，导师扔给你一个研究对象，比如三阴性乳腺癌

　　1.问你已知相关的信号通路和基因，有哪些？

　　2.这些基因和信号通路各自在最近几年的研究热度都如何？

　　3.然后据此设计个课题

　　你会怎么办？查文献？太慢！问师姐？人家要约会啊。

　　别急，这个时候你需要一个叫“课题思路助手”的检索神器。

　　第一步：扔进你的关键词，中英文均可，比如就lu三阴性乳腺癌

基础研究Gene/Pathway分析神器

　　一键查询，系统告诉从文献中查出与三阴性乳腺癌相关的基因有366个，信号通路29个。

　　词云更直观的显示，相关基因中BRCA1和EGFR比较相关，信号通路和自噬，铁死亡等相关。其实这个时候你已经对这个疾病的研究方向有一定印象了。

　　咦，BRCA1可以理解，毕竟当年安吉丽娜朱莉切双乳就是因为BRCA1突变。但EGFR不是通常和肺癌有关么，带着这个疑问我们继续往下：

　　点击基因的词云，进入到具体详情，结果页标注了每个基因的结果数。最高影响因子28.25，总影响因子达到192.53，左侧可以对年份，文本类型，影响因子进行筛选。

　　选择刚才疑问的EGFR，点进去可以看到具体文献里的内容，浏览一下，可以得出结论，原来EGFR因其可通过JAK/STAT3信号通路促进三阴性乳腺癌，所以可以成为潜在的治疗靶点。点击语料来源即可到文献原文，点击期刊名即可查看期刊具体详情。

　　通过时间轴的角度分析年度基因数目的变化，来鸟瞰其基因研究热度

　　从热图中可以观察某个基因在不同年份的热度，比如BRCA1和EGFR，STAT3都是近几年比较热的基因。

　　通过以上简单的分析，相信对三阴性乳腺癌的基因及其研究趋势，热点都有大致了解。

　　接下来看下和三阴性乳腺癌相关的信号通路，我们可以看到相关有铁死亡，焦亡，Wnt通路，mTOR通路，MAPK通路等点击右边的通路详情和参考文献可以直接连接到KEGG数据库的相关页面，非常方便。

　　比如点Wnt通路，进去后就可以看到具体文献内容。

　　总之，通过这个工具，我们可以高效率对某一个关键词，它可以是基因，可以是信号通路，也可以是某一个表型或病种，通过海量文献找到与其相关的基因和信号通路，或高效了解某一个陌生领域，或找基因、信号通路之间的相互关系。只要抓住基因和信号通路两条线，那课题就思路就不是难事。

　　比如我们通过检索发现，A功能可以由x基因高表达促进，同时A功能又可以由y通路的激活促进，那x和y大概率就是协同的，于是我们的课题就可以是x基因高表达激活y通路来促进A功能

　　摘要部分大致是这样的：

　　近年来，关于促进A功能的机制仍然不清，已知y通路是其关键通路，而x之前被发现可以促进A功能，但x是否通过y来促进及其具体促进机制尚不清楚，在这里，我们.....

　　Enjoy it!