盘点！2022年华大RNA测序高分文章

作者：杨超月

转录组测序

RNA Sequencing

转录组测序是研究基因表达差异的重要工具，其研究对象为特定细胞在某种功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和。转录组测序技术在检测基因表达水平变化的同时，还能发现稀有转录本，精确地识别可变剪切位点、基因融合，提供最全面的转录组信息。通过高通量测序，能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，帮助科研人员发现生物学现象背后的分子机制。

近年来，华大转录组测序技术已经被广泛运用在各个领域，截止今年12月，华大DNBSEQ™平台RNA测序文章已超1,532篇，累计影响因子合计8,113.95，平均单篇文章影响因子5.3，多次登上CNS顶级期刊，包含8篇Nature、4篇Cell、1篇Science。2022年新增Nature、Cell各一篇。

在肿瘤相关机制探究、人类的复杂疾病和临床应用到动植物基础机制等领域，转录组测序技术成果不断。以下为2022年华大RNA测序在动植物基础机制研究方向的成果：

动植物基础机制研究篇

2022年，基于RNA测序技术，华大合作客户发表的动植物基础机制研究相关文章已达127篇，包括Nature、Cell Host and Microbe、Nature Ecology & Evolution、Genome Biology、Nature Communications、Journal of Hazardous Materials、Plant Biotechnology Journal在内的IF超6分以上文章达48篇，累计影响因子超495.3分，研究内容涉及动植物生长发育调控机制、植物抗病抗逆机制、植物生物合成机制等。

转录组测序文章-动植物基础机制研究领域上下滑动查看以下是动植物基础机制研究方向的经典文章案例：

经典案例1

Dr. Tom助力研究植物免疫反应机制

盘点！2022年华大RNA测序高分文章

文章题目：A surface-receptor-coupled G protein regulates plant immunity through nuclear protein kinases

发表期刊：Cell Host & Microbe

影响因子：31.316

发表单位：中国科学院种子创新研究院、中国农业大学、中国生物科学研究所、北京大学

研究概述：

植物通过细胞表面的免疫受体-模式识别受体（Pattern-recognition receptor, PRR）感知病原微生物来源的保守分子，从而识别病原物入侵，并激活植物天然免疫反应。植物特有的Gα蛋白XLG2与免疫受体偶联，在受体介导的免疫信号调控中发挥重要功能。该研究发现定位于细胞核的MUT9样激酶（MLKs）是XLG2的下游效应因子。MLKs以激酶活性依赖的方式对植物免疫力进行负向调节，XLG2可能通过抑制MLK促进防御基因的表达和植物免疫。

研究成果：

XLG蛋白在C端具有Gα结构域，N端延伸具有核定位序列（NLS）。XLG2无论在免疫是否激活的状态下都可以调节植物的免疫。为了研究其表达变化，研究团队用flg22处理Nicotiana benthamiana原生质体，在未处理的情况下，XLG2-GFP定位于质膜和细胞核，经过处理后，XLG2-GFP在细胞核当中的积累大大增加。在拟南芥原生质体和构建的转基因植物也都具有类似的现象，说明XLG2在flg22的刺激下在细胞核当中积累。敲除NLS的实验结果表明该过程紧密依赖于NLS。

接下来，该研究在分别在XLG2/3突变体构建了XLG2ΔNLS-FLAG和野生型的XLG-FLAG来测试NLS在植物免疫当中的作用，并检测不同的突变体对于Pst的抗性。发现XLG2/3突变体相比于野生型WT Col-0和XLG-FLAG，细菌在叶片更大量生长。XLG2ΔNLS-FLAG也有高水平的Pst生长。因此，XLG2的核定位对触发抗菌免疫至关重要。

Flg22会诱导XLG2在Ser141、Ser148、Ser150和Ser151磷酸化，磷酸化过程也对抗Pst的免疫至关重要。该研究进一步探索磷酸化过程对flg22诱导的核定位过程的作用。在原生质体构建了野生型，磷酸化缺失，和磷酸化的XLG2-FLAG。在非磷酸化的情况下flg22未能诱导XLG2-FLAG在核中的积累，表明了磷酸化对于XLG2核定位的重要性。后续进一步的抗Pst实验也证实了该结论。