科学家建立刺河鲀BAC基因文库

作者：杨超月

科学家建立刺河鲀BAC基因文库

来自中科院水生生物研究所的研究人员构建了刺河鲀（基因组大小为780Mb）的BAC文库和随机挑取克隆测序，在基因组水平对河鲀基因组大小变化进行了研究。这一研究成果公布在《BMC基因组学》（BMC Genomics）杂志上，国际同行评价评价认为，这是对河鲀基因组大小变化传统研究的重要补充和证明。

基因组大小，是指一个基因组中所拥有的DNA含量，是生物进化中最基本的、同时也是最复杂的遗传特征之一。例如，生物的复杂度并不与基因组大小有显著相关，即C值悖论。作为模式物种的红旗东方鲀和斑点绿河鲀是目前已知的具有最小基因组大小的脊椎动物（<400Mb，仅相当于人基因组大小的八分之一），对它们的全基因组测序分析发现，它们却具有与人相近的基因数目。正因为如此，河鲀基因组大小变化的研究引起关注。

研究人员通过构建刺河鲀（基因组大小为780Mb）的BAC文库和随机挑取克隆测序，在基因组水平对河鲀基因组大小变化进行了研究。对10个BAC克隆、长度776 kb的刺河鲀基因组测序分析发现，河鲀基因组大小变化同时表现为基因组同源区域和非同源区域长度的变化；基因组注释结果表明，内含子长度与河鲀基因组大小变化呈正相关，刺河鲀的内含子长度为566bp，统计上显著大于红旗东方鲀和斑点绿河鲀的内含子长度（435bp）；转座子序列的含量和家族在不同河鲀基因组表现出明显的不同，并且转座子序列在不同河鲀基因组内的非等速积累是造成河鲀基因组大小变化的主要机制。

另外一篇文章中，来自中国科学院动物研究所的研究人员采用RT-PCR技术对2008年分离自河北石家庄地区的7株（LS-4, HM-1, HQ-5, HQ-6, GC-2, GCH-3和 ST-7）猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）进行GP2, GP3, GP4, GP5 和 NSP2 基因的扩增、克隆和测序，与已知序列的毒株的相应片段进行同源性分析比较，并对其分子特征进行分析。

猪繁殖与呼吸综合症（porcine productive andrespiratory syndrome,PRRS）是由猪繁殖与呼吸综合征病毒引起的以母猪繁殖障碍和仔猪呼吸哀竭为主要症状的传染病，该病近年来大面积发生于我国境内，引起养猪业的巨大损失。

研究人员采用RT-PCR技术对2008年分离自河北石家庄地区的7株（LS-4, HM-1, HQ-5, HQ-6, GC-2, GCH-3和 ST-7）猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）进行GP2, GP3, GP4, GP5 和 NSP2 基因的扩增、克隆和测序，与已知序列的毒株的相应片段进行同源性分析比较，并对其分子特征进行分析。

结果发现这7株病毒仍属北美基因型，同源性分析表明这些病毒株与北美洲原型代表株(VR-2332株)有80.8-92.9%的同源性，与疫苗毒MLV有81.3-98.8%的同源性，与BJ-4株有80.7-92.9%同源性。所有这七株变异病毒的NSP2蛋白都存在一个29个氨基酸序列的缺失，赋予了这些病毒新的特征，而且这些氨基酸序列的缺失与病毒高致病性有关，与河北省其它的分离株虽属于同一个大的分支，但这些毒株的gp5蛋白存在广泛的突变。这一研究结果表明了目前猪的PRRSV病毒可能存在一种由传统毒株向高致病性毒株演化的趋势，并为将来野猪PRRSV的疫苗研究和免疫防控奠定了基础。（来源：生物通万纹）

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《BMC基因组学》发表论文摘要（英文）

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