揭示奥密克戎等新冠病毒关键突变株的抗原性改
新冠病毒突变株是目前国际新冠防控的头号问题，截止至2021年2月13日，已有多个新冠毒株被列为了重点关注毒株（Variant of Concern），其中包括Alpha，Beta，Gamma，Delta和最新的Omicron毒株，这些突变株由于其刺突蛋白上的关键突变，具有更强的传染性和免疫逃逸能力，甚至可造成更严重的感染症状。目前已有多个临床研究表明新冠病毒突变株会导致中和抗体及疫苗的保护效力降低，但是不同毒株导致抗原性改变和抗体逃逸的机制及能力的差别仍缺少平行比较。
2022年2月8日，中山大学肿瘤防治中心曾木圣团队及南方科技大学刘铮团队在Signal Transduction and Targeted Therapy杂志在线发表题为Parallel profiling of antigenicity alteration and immune escape of SARS-CoV-2 Omicron and other variants文章（中山大学肿瘤防治中心博士研究生孙聪，特聘副研究员康银峰为本文共同第一作者）。
研究首先利用了计算机蛋白结构预测软件FlexddG用于中和抗体或受体ACE2与野生型新冠病毒RBD蛋白复合物结构的蛋白界面分析（Interface analysis），分析结果显示多种新冠病毒突变能够显著导致复合物结合自由能的增加，尤其是E484突变能够广泛影响多种抗体的结合。进一步地，基于多种毒株的蛋白突变组合分析结果也提示Beta，Gamma和Omicron毒株展现出了强烈的逃逸抗体结合的能力，这一结果与目前临床发现的抗体与疫苗逃逸结果高度吻合。
研究进一步利用体外蛋白的动力学分析与假病毒中和系统研究了中和抗体与新冠病毒突变株S蛋白结合能力及突变株假病毒中和能力，多个毒株的平行对比显示Omicron毒株表现出了十分强烈的逃逸倾向，Beta和Gamma毒株则紧随其后同样表现出了极强的逃逸特征，并且该逃逸特征与研究中的计算机预测和蛋白亲和力实验结果高度相关。
综上所述，该研究基于计算机辅助的蛋白界面分析、体外蛋白亲和力分析及抗体中和实验平行地研究了新冠病毒突变株的抗原性改变和免疫逃逸特征，为研究突变株逃逸行为提供了大量的数据支撑，且该分析方法也为开发大规模计算机模拟评估新冠病毒新发突变对免疫逃逸影响的方法学建立及合理设计抗体组合的鸡尾酒疗法的奠定基础。
中山大学肿瘤防治中心曾木圣教授，南方科技大学冷冻电镜中心刘铮教授为本文的共同通讯作者。
原文链接：
https://www.nature.com/articles/s41392-022-00910-6
上一篇：肿瘤标志物异常，即患癌？一文读懂10大常用肿瘤
下一篇：你根本不知道你的身体有多敏感！