巨大冲击!AlphaFold2再登Nature,从业者都懵了:人



98.5%的人类蛋白质结构被 AlphaFold2 预测出来了!

而且还做成了数据集,全部免费开放!

在仅一周后,DeepMind 震撼发布 AlphaFold 数据集,再次引爆科研圈!

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数据集中预测的所有氨基酸残基中,有 58% 达到可信水平,其中更有 35.7% 达到高置信度。

而在这之前科学家们数十年的努力,只覆盖了人类蛋白质序列中 17% 的氨基酸残基

除了人类蛋白质组,数据集中还包括大肠杆菌、果蝇、小鼠等20 个具有科研常用生物的蛋白质组数据,总计超过35 万个蛋白质的结构。

最重要的是,这些全都免费开放!交给欧洲生物信息学研究所托管。

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" 这是人类基因组图谱之后最重要的数据集 ",这样的评价来自 Ewan Birney,他领导了人类基因组计划的后续项目:人类基因元件百科全书 ( ENCODE ) 。

DeepMind创始人哈撒比斯在官网发布题为《把 AlphaFold 的力量交到全世界手中》的文章,同时也在推特上表达了他抑制不住地兴奋:

这是我一生中梦寐以求的日子,也是创办 Deepmind 的初衷:用 AI 推进科学发展并造福人类。

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造福人类整体的另一面,是对当前结构生物学相关从业者的巨大冲击。

有人对与 AI 赛跑这件事感到绝望。

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还有人吐槽,都开源了免费了没法申报经费了。

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但也有人提出了不同的看法:21 世纪不只是生物学的世纪,更是合成生物学的世纪啊!

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在结构生物学实验室工作过的知乎网友 @sorrySorui 有点骚也认为 AlphaFold 的出现为科研人员节省大量时间和精力

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他认为使用 AlphaFold 得出来的结果,可以帮助进行药物设计等进一步的研究。

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那么这次预测结果中有哪些蛋白质能开辟新的研究方向?

几个重点预测

AlphaFold 2 预测的结果总共有 35 万个,DeepMind 在论文中挑出了 3 种典型的蛋白质结构预测,这些预测都是从头开始的。

虽然结果最终要通过实验来验证,但是这些预测还是为生物学家提供了很多有用的结果。

1、葡萄糖 -6- 磷酸酶(Glucose-6-phosphatase):发现了一种新的蛋白质门控机制

这是一种膜结合酶,可催化葡萄糖合成的最后一步,对维持血糖水平至关重要。以前没有该蛋白质的实验结构。AlphaFold 预测具有非常高的可信度并给出了一个九螺旋拓扑结构。

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DeepMind 发现,在这种预测的结构中,谷氨酸可以稳定封闭构象的结合位点,因此可能存在门控功能,而这种新的机制是过去没有发现过的。

2、二酰基甘油 O- 酰基转移酶 2(Diacylglycerol O-acyltransferase 2):寻找抑制酶的结合位点

这种酶负责将多余的代谢能量储存为脂肪,它( DGAT2)是催化过程中最终酰基添加的两种必需酰基转移酶之一,之前的研究显示抑制 DGAT2 可改善肝病小鼠模型中的肝功能。

凭借 AlphaFold 高度可信的预测结构(中值 pLDDT 95.9),可以确定该蛋白与抑制剂的结合位点。

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3、Wolframin:寻找遗传病的成因




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