25个表观遗传学数据库，你需要的全都有！

作者：王韵壹、李英、熊慧卿

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导语

GUIDE ╲

表观遗传学是与遗传学(genetic)相对应的概念。遗传学是指基于基因序列改变所致基因表达水平变化，如基因突变、基因杂合丢失和微卫星不稳定等；而表观遗传学则是指基于非基因序列改变所致基因表达水平变化，如DNA甲基化和染色质构象变化等；表观基因组学(epigenomics) 则是在基因组水平上对表观遗传学改变的研究。

数据库介绍

DNA甲基化数据库

1. SurvivalMeth

网址：

引用：Zhang C, Zhao N, Zhang X, et al. SurvivalMeth: a web server to investigate the effect of DNA methylation-related functional elements on prognosis [published online ahead of print, 2020 Aug 11]. Brief Bioinform. 2020;bbaa162. doi:10.1093/bib/bbaa162

2. MethDB 数据库

网址:

功能：全称DNA Methylation database，该数据库包含了多种组织多种表型的甲基化模式、甲基化谱和总甲基化内容数据。大约14%的数据没有在其他地方公布。这些数据可以直接检索。并且有在线提交工具，允许科研人员直接将新数据输入到MethDB 。

引用：Amoreira C, Hindermann W, Grunau C. An improved version of the DNA Methylation database (MethDB). Nucleic Acids Res. 2003;31(1):75-77. doi:10.1093/nar/gkg093

3. PubMeth

网址:

功能：PubMeth 收集和整理了文献中与癌症相关的甲基化数据，并进行了人工校对和注释，提供了一个高质量的癌症相关的发生了甲基化基因的数据库。这个数据库只提供在线检索功能，并不开放下载。也可以提交自己的数据。

在检索时，提供了两种检索方式：①基因②癌症

引用：Maté Ongenaert, Leander Van Neste, Tim De Meyer, Gerben Menschaert, Sofie Bekaert, Wim Van Criekinge, PubMeth: a cancer methylation database combining text-mining and expert annotation, Nucleic Acids Research, Volume 36, Issue suppl_1, 1 January 2008, Pages D842–D846, https://doi.org/10.1093/nar/gkm788

4. DiseaseMeth2

网址:

网页打开失败

引用：Xiong, Y., Wei, Y., Gu, Y., Zhang, S., Lyu, J., Zhang, B., Chen, C., Zhu, J., Wang, Y., Liu, H. Zhang Y. (2016) DiseaseMeth version 2.0: a major expansion and update of the human disease methylation database. Nucleic Acids Research.

5.MethCancer

网址：