南京农业大学房婉萍教授团队发表茶树基因组数
以下文章来源于Maximum学术出版 ，作者MAP
Maximum Academic Press
近期，Beverage Plant Research 在线发表了南京农业大学房婉萍教授研究团队题为TeaPGDB: Tea Plant Genome Database 的研究论文。该论文针对目前茶树基因组数据注释、分析和利用依然匮乏的现状，对已发表茶树基因组文章中的数据进行了注释和分析。该研究有助于研究人员检索和分析基因组数据，充分了解他们所关注的茶树关键基因，以应用于茶树分子育种领域研究。
TeaPGDB全面收集、整理和注释已发表茶树基因组(包含叶绿体和线粒体基因组)文章中的基因组和蛋白质组数据，注释的结果包含基因家族鉴定、GO注释、KEGG注释、基因位置信息、基因和蛋白质序列、基因结构、信号肽预测等。当然，用户可以在检索界面输入gene id以获取对应的注释结果(图1)。研究人员如果以近期发表的高质量茶树基因组数据，如：‘舒茶早’(2020年)、‘黄旦’（2021年）基因组等作为参考基因组，此基因组注释结果将方便他们掌握所关注基因的详细信息，加快分子生物学研究进程。系统还提供了其他的在线工具，如BLAST、SSR search等。BLAST工具中含有拟南芥、水稻和已发表茶树基因组的茶树品种等较多植物的基因组、蛋白质、CDS序列作为参考数据库，用户使用BLAST工具可对未知序列进行比对分析，获得未知序列的同源序列，便于开展该序列功能预测和分析(图2)。SSR search工具包含茶树基因组中的简单重复序列，用户通过输入茶树染色体名称和序列在染色体中的起始和终止位置以及碱基序列，得到相应的SSR检索结果。TeaPGDB还包含茶叶风味基因页面(Tea flavor genes)，收集和挖掘茶叶品质相关的成分：儿茶素、咖啡因、茶氨酸的生物合成基因，并提供这些基因的注释结果，以促进茶叶品质成分的分子机理研究。
南京农业大学茶学专业硕士生雷小刚为该论文第一作者，房婉萍教授和陈飞博士为通讯作者。加拿大曼尼托巴大学植物科学系邹中伟博士、上海市农业科学院林木果树研究所周琳博士参与了该研究工作。研究得到了国家重点研发项目(2020YFE0202900)、国家自然科学基金项目(31972460, 31870680)、江苏省重点研发项目(BE2019379)等的资助。
南京农业大学房婉萍教授研究团队主要研究领域是茶树分子育种与高效栽培体系建设。近年来，研究团队主要致力于茶树逆境响应分子机制的研究以及茶叶品质与环境调控技术的研发与应用。
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About Beverage Plant Research
Beverage Plant Research是一本开放获取的期刊，致力于传播饮料作物领域研究进展，专注于发表本领域原创研究文章、综述、评论和观点。主题范围包括但不限于饮料植物生物学、饮料质量及化学分析等。期刊主编由中国农业科学院茶叶研究所陈宗懋院士与美国星巴克集团Brian Schaneberg博士共同担任。
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mc03.manuscriptcentral.com/bevpr
原标题：《Bev Plant Res | 南京农业大学房婉萍教授团队发表茶树基因组数据库TeaPGDB》
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