消化领域国际权威杂志发表思路迪联合中国学者关于肿瘤内异质性对药物治疗影响的最新进展
近日，国际著名期刊《Gastroenterology》(SCI影响因子 18.187)在线发布了思路迪联合复旦大学附属中山医院樊嘉教授关于中国肝癌病人肿瘤内异质性与药物反应的最新研究成果！这是至今为止关于肝癌肿瘤内异质性全球发表的最高影响因子文章之一。
起因
肿瘤内异质性是困扰临床肿瘤治疗的一个长期问题，精准医疗的主要障碍之一也在于肿瘤内异质性。单细胞测序或者取自同一个患者不同部位的肿瘤测序发现，不同肿瘤细胞之间基因组突变存在着异质性，但是这种肿瘤内异质性对药物治疗直接的影响一直未被有效阐明。简单将肿瘤内异质性理解为分子靶向治疗的障碍，并不能解释临床一些患者虽然存在肿瘤内异质性，但仍然可以获益于单靶向治疗。究其原因，主要是因为没有合适的实验模型，使得这一重要的临床观察结果无法得以直接验证。
思路迪和樊嘉教授于2012年就此问题展开深入合作，基于思路迪领先的病人来源的肿瘤细胞（Patient-Derived Cell, PDC）建系技术，在10个乙肝（HBV）阳性的肝细胞癌（Hepatocellular Carcinoma, HCC）病人肿瘤组织中取多个位点展开建系，最终成功建立了55株细胞系；由于病人肿瘤内异质性的差异，每位病人建成的细胞系分别有4-9株。这些细胞经过严格的细胞免疫化学、STR分析及传代稳定性（细胞增殖周期和细胞药物反应）测试，证明了建系的成功和原代细胞株的稳定性。
主要研究成果：肿瘤内异质性细胞株的建立
为了分析肿瘤内异质性，思路迪和中山医院的研究人员针对这些成功建系的细胞展开了全外显子组测序（WES）和CytoScan HD基因拷贝数分析。这55株细胞中共发现有3670个非同义突变（Non-Silent Mutation），平均每个病人的肿瘤组织含有93个突变，与已发表的三个大型肝癌单点WES测序结果（分别是67、85及58）相当。
而基于WES测序结果的分析表明，这55株细胞所对应病人（10个）的肿瘤内异质性分布在12.9%~68.5%期间，显示细胞株模型充分反映了肿瘤组织的肿瘤内异质性。这也表明已构建的这些细胞株可用来测试肿瘤内异质性与药物响应的关系。同时，WES结果表明这10个HCC病人携带有26个驱动基因变异，其中14个位于进化树的非树干部分（亚克隆），这提示肿瘤靶向治疗关键可能需要找到主干突变进行干预。除此之外，通过对这10个病人的进化树树干及非树干的核苷酸变异谱式聚类，提示树干的变异谱式和患者血清中的AFP（α-fetoprotein）水平显著相关（P=0.016），而AFP是肝癌病人重要的诊断和预后标志物。进一步的结论，思路迪新药研发临床前负责人林毅晖博士表示需要在更多样本上进行验证。
图1. 基于WES数据的肿瘤内异质性评估。X轴对应于各个病例（10例），Y轴肿瘤内异质性百分比。（对应于原文Figure 2A）
主要研究成果：肿瘤内异质性对药物响应的评估
相比于前人一般基于肿瘤组织标本通过二代测序来研究肿瘤内异质性，这些保留肿瘤内异质性的细胞株还可以进一步测试异质性与药物响应的影响。针对这10个病人中呈现出驱动基因肿瘤内异质性变化（基因扩增或/和表达水平改变）的4个病人，药物敏感性测试结果表明，功能性的基因异质性变化（Functional Intratumor Heterogeneity）是预测药物响应的重要决定性因素。如在case 307中，FGF19的扩增和高表达才是细胞株显示对FGFR4抑制剂敏感决定因素，尽管这些细胞株之间也存在其它基因变异的异质性，而仅是FGF19扩增的细胞株（FGF19低表达）则对FGFR4抑制剂不敏感。为了进一步验证这个观点，除了上文提及的这55株PDC，思路迪又启用了另外近百株来源于不同中国肝癌患者的PDC验证了该结论。这提示针对一些驱动基因，仅仅通过二代测序检测DNA水平上的基因变异，并不能精准的指导临床用药，需要综合考虑基因变异和对应的蛋白表达或者信号通路激活的状况。同时，该研究还解释了临床中一个长期困扰的问题，单细胞测序揭示同一个患者体内不同肿瘤细胞之间基因变异差异巨大，但临床治疗常常见到单靶向治疗获益的人群。这是因为如果关键驱动基因和其激活信号通路如果在不同细胞之间都保持一致性，那么其它非关键驱动基因的异质性差异并不带来药物响应的差异。
图2. Case 307药物响应及进化树整合图。ITH：肿瘤内异质性，Amp：扩增，exp.：表达，Sensitive：药物敏感性。（对应于原文Figure 3B）
主要研究成果：基于肿瘤内异质性细胞株模型的联合治疗方案筛选
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