解析新冠病毒RNA依赖RNA聚合酶（瑞德西韦靶点）

作者：杨超月

尽管新冠病毒的nsp12-nsp7-nsp8复合物的总体结构与SARS-CoV的大体相似，但也有一些关键特征可以区分它们。在SARS冠状病毒nsp12结构中，包含了有7个螺旋，末端有一个三链β-折叠，构成NiRAN结构域。残基Y69-R118由三条反平行的β链和一条螺旋构成一个额外的结构区域。残基N215-D218，在新冠肺炎中形成β链。他们推断，该区域与链（残基V96-A100）的接触有助于稳定链。因此，鉴定了残基Y69-R249为完整的冠状病毒NiRAN结构域。其次，低温电磁图帮助我们识别一个独特的N-末端β-发夹。该β-发夹插入到，由NiRAN结构域和RdRp结构域中的palm子结构域形成的凹槽中，形成一组紧密的稳定整体结构。同时，新冠病毒的nsp12中也未观察到， SARS冠状病毒nsp12中的H295-C301-C306-C310和C487-H642-C645-C646螯合的锌离子。相比之下，蛋白结构显示了C301-C306和C487-C645形成了二硫键结构。

研究者们分析了不同的纯化缓冲液、低温采样和重建方法可能导致了这种变化。聚合酶结构域采用病毒聚合酶家族的保守结构，由三个子结构域组成，包括手指子结构域（残基S397-A581和K621-G679）、手掌子结构域（残基T582-P620和T680-Q815）和拇指子结构域（残留物H816-E920）。未观察到通常在病毒聚合酶结构中观察到的用于RNA合成的催化阳离子，可能是因为锰未包含在纯化缓冲液或冷冻EM取样缓冲液中。

新冠病毒RdRp结构域的活性位点是由保守的聚合酶形成的掌纹结构域中的基序A-G，其结构类似于其他RNA聚合酶。基序A覆盖残基611-TPHLMGWDYPKCDRAM-626和潜在的二价阳离子结合残基D618。基序B位于680-710氨基酸区域。Motif C（残基753-fsmmilsdavvcfn-767）含有25个β链之间的催化残基（759-SDD-761）。

解析新冠病毒RNA依赖RNA聚合酶（瑞德西韦靶点）