植物生物学数据库大全，请收藏！！！

作者：王韵壹、李英、熊慧卿

一个植物的预测的分子标记的数据库。

植物启动子序列数据库。

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农作物当中的生化途径及酶。

POGs/PlantRBP 是一个关系型数据库，整合了拟南芥、水稻、玉米的可以得到的基因组、蛋白组及序列数据，生成一个假定的同源基因组(POGs)，基因注释的重点在于对那些预测的RNA结合蛋白(RBPs)。除了上述之外，同时也对这些蛋白的一些保守结构域提供查找功能。

TIGR的植物转录本(TA)集合数据库收集了来自于NCBI的GenBank Nucleotide数据库的试验验证的EST、全长cDNA数据，包括目前所有已有相关信息的植物的信息，可以通过序列的BLAST、物种等方式查找数据，并且可以自由下载这些数据。

植物器官研究的植物器官图片和协议数据库。

植物启动子数据库。

TropGENE DB是一个管理热带作物的遗传和基因组信息的数据库，该数据库将作物按数个模式作物归类，目前在线公布的模式作物有香蕉、可可、椰子、棉花、油椰子、水稻和甘蔗。其他模式作物正有待开发。每个模式作物都包括遗传来源信息（如形态学、起源、等位基因数据），分子标记信息，遗传图谱，长序列多态性（QTL）分析结果，测序图谱，序列、基因及相应的参考文献。允许进行快速查询及复杂查询。

小麦、大麦、黑麦、三系杂交麦和燕麦的分子和表型信息数据库。

BarleyBase 是一个在线的植物微阵列数据及分析平台的数据库，目前收集了超过1000份的来自于Affymetrix Barley1 GeneChip的原始或者规范化后的芯片数据，同时提供基因的功能注释，蛋白功能区域预测、代谢途径及基因家族信息。还与PLEXdb 和PlantGDB的信息有相关联接。

苹果，樱桃，梨，桃，悬钩子，玫瑰和草莓的基因组数据库。

植物细胞的信号转导分析数据库。

植物基因组中心提供了大规模测序计划、遗传图谱和大规模ESTs测序的数据，所有物种的分类都超链接到NCBI的分类数据库。

PathoPlant 是一个涉及植物与病原体之间相互作用的信号转导的相关物质成分的数据库，包括一系列已知的信号转导通路的基因序列，最近还增加了相关的拟南芥的基因芯片数据，以及用于查找相应刺激所涉及的基因的工具。

Phytome 是一个比较基因组学数据库，设计用于植物功能基因组学、分子育种和进化研究。其包括预测的蛋白序列数据、蛋白家族分类数据，多序列比对数据、进化史，及源于一个大的、系统发生的多样性植物索引的蛋白注释。Phytome通过来自不同物种的蛋白序列的直系同源或者旁系同源的进化史，将全异的各类植物基因数据库整合成一个可以交互查找的数据平台。该库允许复杂的查询，进行基因/蛋白家族的查询及下载。

PlantGDB是一个植物基因组序列数据库，主要是ESTs数据。还有对于这些数据的基因注释，EST的基因组定位以及与其它数据库的链接。满足通常的数据查找功能。

AtGDB是一个正在开发中的植物基因组数据库和分析工具集，该资源库的目的是方便以序列为中心的拟南芥数据的浏览，可以分区段地浏览感兴趣的基因，看其结构及基因注释，并可与cDNA和EST进行比对。也可以将数据全部下载本地化。

Plant Ontology(PO)数据库由数个植物数据库系统和植物分类学、植物学和遗传学专家协作开发的，目的是建立一个基础的功能强大的植物学数据库，包括整合形态学、解剖学上的一些信息。目前该库有超过5000个来自于拟南芥、玉米、水稻的基因注释可供搜索。在同一个浏览界面下，用户可以搜索植物的器官结构、不同发育时期的信息。所有信息可以自由下载。

TOP 叶绿体基因组数据库。

Top 该数据库主要收集了杨树的泛素化蛋白，加上预测的共计1027个基因。

EasyGO数据库用于提供一系列待查基因的功能注释，以及微阵列探针信息，目前包括来自15个物种（主要是植物）的40多个数据类型的数据。被广泛使用。

DPTF:北京大学杨树转录因子数据库。

中国国内多家单位完成的关于水稻的cDNA微阵列试验结果数据库。

PLANTTFDB:植物转录因子数据库。

植物转录因子数据库。

大豆蛋白质组数据库。

水稻玉米小RNA数据库，该数据库包含了miRNA,siRNA，ta-siRNA的信息。

预测的植物蛋白簇数据库。

PLACE:植物顺式调控DNA元件数据库，该数据库含有380个在植物中发现的完整的cis活性调控因子。

(NCPGR)地域植物基因研究中心。