miRanda在线预测miRNA
miRanda在线预测miRNA靶基因
简介
miRanda是一种检测基因组序列中miRNA潜在靶位点的算法。当前版本：v3.3a
miRanda is an algorithm for the detection of potential microRNA target sites in genomic sequences
两步策略：1，在查询的miRNA序列和mRNA 3'UTR序列间进行动态规划局部比对。这一比对过程基于序列互补（而不是序列一致性）打分；2，基于第一步获得的高分比对结果（sc参数控制），使用RNAlib（来自ViennaRNA包）评估比对的热力学稳定性。最终能量小于阈值（en参数控制）的结果作为最终结果。
源码见官网！
数据说明：
1，fasta格式的miRNA序列
2，fasta格式的mRNA 3'UTR序列，或者fasta格式的lncRNA序列，circRNA序列等目标序列
参考文献
A.J. Enright, B. John, U. Gaul, T. Tuschl, C. Sander, D.S. Marks; (2003) MicroRNA targets in Drosophila; Genome Biology 5(1):R1.
输入miRNA序列
>hsa-miR-27b
UUCACAGUGGCUAAGUUCUGC
输入mRNA 3'UTR序列
>Bcl3
GACGGATGGGGGGGCAGACCCGGACTCATGAGGAGGGGCCTCCCTGCCCTGT
GGGGACCACTCTTCTGGAAACTGTGAGGACCTTGTTCTGCTTCCCCCCGCCC
AATCCTCGGGACCAGGTTTTGCACCAAGGCACATGCACATACTACTGAGCACA
GATCCTCCCAATCGCGCCCCTTGCCCAGGACTCTCAGCCCCCACTTAATCTCA
GGCACCCAGGTTCCCTGTCTGGAATCCACCAGATACTCAATTCTTTGAGTGGA
GGAACCAAAGGACAGCCAGCCTCTCCTCTGCCACCCTCCACCCTGAGGGACCC
AGAGAAACAGAGGGGTCTGGGAGGGCATTGATCACAGTGTAAATTATTAGGTT
TGGGTCAGATTTCTTTTGTAATAAACTATTTTTGTATCAT
输出
1）如何作图？
1，准备作图数据；2，用excel打开数据，调整为示例格式；3，将调整后的数据粘贴到输入框；4，选择参数；5，提交出图
2）为什么不出图？
程序对输入格式有严格要求。请务必仔细查看右侧说明及示例数据
3）如何引用？
207篇文章引用微生信（Google Scholoar）。请引用原生R包，Python包等，或使用如下格式：
Heatmap was plotted by , a free online platform for data analysis and visualization.
4）其他常见问题
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