2基因转移和重组分析揭示其潜在起源

作者：杨超月

　　2020年12月3日，蒙特利尔大学在bioRxiv上上传了一项研究，对SARS-CoV-2的中间宿主及其在人类中出现的具体机制进行了深入探讨。在本研究中，作者对SARS-CoV-2的11个主要基因的演化图谱进行了研究。以往的研究表明，SARS-CoV-2的基因组在大部分基因上与马蹄蝠冠状病毒RaTG13高度相似，在S蛋白的受体结合域（RBD）上与一些马来穿山甲冠状病毒株高度相似。

　　作者在此提供了一份详细的SARS-CoV-2基因组11个主要基因的水平基因转移和重组事件（包括基因间和基因内）推断的详细清单。分析显示，SARS-CoV-2的两个连续基因S和N区域可能是RaTG13和广东穿山甲冠状病毒之间的基因内源重组所致。在基因S的（1215-1425）区和基因N的（534-727）区发现了RaTG13和广东穿山甲冠状病毒之间具有统计学意义的基因转移重组事件；此外，在基因ORF1ab、S、ORF3a、ORF7a、ORF8和N中发现了SARS-CoV-2、RaTG13、广东穿山甲冠状病毒和蝙蝠冠状病毒ZC45-ZXC21祖先之间的一些重要重组事件。此外，基于拓扑学对25个冠状病毒基因树分析，揭示了冠状病毒基因的三向演化，ORF1ab、S和N的基因系统发育形成第一簇，ORF3a、E、M、ORF6、ORF7a、ORF7b和ORF8的基因系统发育形成第二簇，基因ORF10的系统发育形成第三簇。总结来看，本研究的水平基因转移和重组分析结果表明，SARS-CoV-2不仅可能是蝙蝠RaTG13和广东穿山甲冠状病毒重组产生的嵌合体，而且可能是蝙蝠冠状病毒 ZC45和ZXC21株的近亲。这也暗示广东穿山甲可能是SARS-CoV-2的中间宿主。

　　https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.03.410233v1