目前最有效的物理作图技术，也是能对大基因组作出最详尽图谱的技术、是STS作图一个序列标记位点(STS)是一段短的DNA序列，通常长度在100到500bp，易于识别，仅存在于待研究的染色体或基因组中。作一套STS图谱需要收集来自单条染色体或一个完整基因组的重叠的DNA片段。在图1中，从单条染色体中制备一组DNA片段，使染色体上每一点平均有5条片段对应。收集作图必需的数据时，须排列每一STS，了解哪些片段包含有哪些STS。这可以通过杂交分析来完成，但通常使用PCR方法，因为PCR更快捷，更易于自动化，两个STS共存于同—个片段的机率依赖于它们在基因组中的相近程度。如果它们相当接近、它们存在于同一片段的机会就相当大；而如果它们位置相对分开，有时它们会在同一片段上，有时则不会(图1)。因此，这些资料可用来计算两个标记间的距离，其方式与计算连锁分析中计算图距的方式相同；在连锁分析中，两个标记间的图距是根据它们的交换频率来计算的。STS作图与其相比、不同之处仅在于两个标记间的图距是根据分离频率来计算的。

图1 适用于STS作图的片段组

这些片段覆盖染色体的全长，染色体上每一点平均有五条片段相对应，染色体图谱上两个接近的标记共同存在于一条片段的可能性就高，相隔较远的标记位于同一条片段中的可能性就较小。

上面关于STS作图的介绍有—些关键问题未解答：STS的确切定义是什么？DNA片段群是如何获得的。

任何一个惟一的DNA序列均可作为STS

一个DNA序列要成为STS，须满足两个前提。首先它的序列必须是己知的，以便于用PCR方法检测STS在不同DNA片段中存在与否。第二个要求是STS必须在待研究的染色体上有唯一的定位，或当DNA片段群覆盖全基因组时，STS在整个基因组中具有唯一的定位位点。如果STS序列具有多个定位点，那么作图数据将会模糊不清。因此需要确保STS不包含重复DNA的序列。

上述两个前提易于满足，因此可以通过多种途径获得STS，最常见的来源是：

1 表达序列标记：表达序列际记(expressed scquence tag, E5T)是通过互补DNA (cDNA)克隆分析获得的短序列。制备互补DNA是将mRNA转化成双链DNA.由于细胞中mRNA来自于编码蛋白的基因，故此cDNA代表了mRNA来源的细胞中表达的基因序列。EST被看做获得重要基因序列的快捷途径。即使其序列不完整，也仍然有价值。如果EST来自于单一序列DNA，不是基因家族中的某一成员，它也可以被用作STS。而所谓基因家族是指一组具有相同或相近序列的基因。

2 SSLPSSLP在物理作图中也可以被用作STS，具有多态性的SSLP以及已通过连锁分析定位的SSLP特别有用，因为它们可在遗传图谱和物理图谱间提供直接联系。

3 随机基因组序列 可以通过对克隆的基因组DNA的随机小片段进行测序或在数据库中搜寻贮存序列获得。