高质量PyMOL作图教程
高质量PyMOL作图教程 前言
上一期，小编教大家使用殷赋云计算平台（）重现了一篇2018年文献《【文献重现】D715-2441 抑制剂与PB2蛋白的结合模式研究》的分子对接计算结果。然而，要发表高质量SCI文章，还需要制作高质量的Figure。本期，我将带大家使用PyMOL软件（搭配Photoshop、MS Powerpoint）绘制D715-2441与PB2cap的结合模式图。
我们先来看一张成品图：
根据上期的分析结果，我们获得以下相互作用：
1、化合物D715-2441的芳环夹在氨基酸残基H357和F404之间并形成π-π堆积作用，还与F404形成疏水作用；
2、化合物苯环上的羟基与E361的羧基和K376的N+原子形成氢键作用，另一个羟基与F404的O原子形成氢键作用；
3、化合物吡喃酮环酯基与K339的N+原子和H357的咪唑基形成盐桥作用。
软件工具制作一张精美的结合模式图需要用到三款软件：PyMOL（及其插件center_of_mass.py）、Photoshop（PS）和MS PowerPoint（PPT）软件。
在微信公众号（殷赋科技）首页回复“pymol”即可获得相关软件、插件的下载链接，PyMOL安装教程请浏览《PyMOL及其插件安装教程》。
操作步骤PyMOL作图通常是对特定对象进行展示形式、颜色、字体等方面的修饰。PyMOL的精髓在于命令行与鼠标的配合使用，本文高度依赖命令行，请做好心理准备（如果真的很厌倦命令行，请使用殷赋云计算平台的作图工具）。大多数命令格式较为一致，请注意总结归纳。
1. 前期准备工作下载蛋白-配体复合物文件（rli-D715-2441-1.pdb）：登录平台 -> 进入任务详情页 -> 查看相互作用分析 -> 下载文件。
我们先来看平台上的结合模式图：
平台提供了相当清晰好看的图，只要将鼠标放在图上，右键下载即可。对于一般用户，这样的图已经足够发文章了。今后，我们还将添加更多细节控件，让你在平台上点点鼠标即可轻松完成本篇文章的核心内容，制作一张高质量图片。敬请期待！
2. PyMOL作图 2.1. 设定工作目录，打开文件打开PyMOL软件，导入刚才下载的复合物PDB文件（rli-D715-2441-1.pdb）。
注意：有两种方法导入文件，一种是鼠标点击菜单栏File -> Open…，另一种是通过命令行。在这里，我们采用命令来操作，因为这样可以同时把工作目录设置好，方便后续保存文件。
假设我们的工作目录为D:\demo。注意：路径中不要有中文和空格，这是导致很多计算类软件（尤其是免费软件）出现问题的原因。
在PyMOL上界面或下界面的命令输入框输入以下命令（PyMOL>表示这是PyMOL的命令），每行输入完毕后按【Enter】键：
2.2. 设置操作对象
结合模式图通常涉及到受体（蛋白）与配体（小分子化合物）两部分（有的还可能涉及水分子、金属离子、辅酶；等等），需为之分别设置对象，以便后续操作。设置配体对象：按照下图顺序，将配体设置为lig对象。
在PyMOL中输入以下命令：
然后，进行鼠标操作：
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