在 CNS 发表单细胞文章的「潜」规则你知道哪些？

作者：张馨予

高通量单细胞技术的确是一个具有划时代意义的技术。利用该技术，全球的科研人员从「异质性」的角度在不同研究领域进行深入挖掘，获得众多令人兴奋的新发现。关于高通量单细胞技术的发文情况，大致可以划分为两个阶段：

2015~2017 年期间，是高通量单细胞发文的「黄金期」。此时，由于高通量单细胞技术尚未完全成熟，技术复杂程度较高，仅掌握在部分顶尖实验室，该阶段的研究主要是构建不同组织的单细胞图谱框架，且大多发表于 CNS 系列期刊，着实令人「眼红」。

自 2018 年起，10x Genomics 和 BD 等公司的成熟化解决方案成功打破技术壁垒，高通量单细胞技术这个「旧时堂前燕」开始「飞入」越来越多的实验室中。从此，高通量单细胞技术的应用普及程度大幅提升，利用相关技术的研究论文发表也进入井喷期。

10x Genomics 发文统计

随着高通量单细胞相关文章发表数目的增加，那个「仅通过一两个样本，简单构建某个组织细胞图谱就能发高分文章」的技术红利时代，已经一去不复返了。这一点，想必各位深有体会。

接下来，我们来盘点一下，那些在「单细胞发文井喷」时代（2018 年~今），仍然能够在 CNS 顶级期刊上发表的高通量单细胞文章的三大特点：

大样本量系统性构建精细化细胞图谱

2021 年，Cell 上发表了题为「A Pan-Cancer Single-Cell Transcriptional Atlas of Tumor Infiltrating Myeloid Cells」的研究论文。

该研究在单细胞水平对 210 个病人、15 个癌种内肿瘤浸润髓系细胞进行了系统性的刻画，比较了肥大细胞、树突状细胞以及肿瘤相关巨噬细胞在不同癌种内的特性，为靶向不同癌种内髓系细胞的免疫治疗提供了重要依据。

特殊样本的代表性研究

2020 年，Cell 首次报道非人灵长类器官衰老的高精度单细胞转录组图谱研究，揭示了细胞类型特异性的氧化还原调控的失稳是包括人类在内的灵长类卵巢衰老的共性分子机制。

重大突破 + 严格验证

2019 年，Cell 上发表的一篇研究论文揭示了溃疡性结肠炎（UC）的耐药机制。研究人员发现在 UC 患者中，肿瘤坏死因子（TNF）蛋白水平较高，抗 TNF 药物可减轻炎症并治愈许多患者的组织。

研究人员进一步利用 RNAscope 原位杂交结合免疫荧光验证从空间定位上展现了单细胞测序的主要发现，例如下图为利用 RNAscope 原位杂交技术检测了健康组织与炎症组织中的炎症相关成纤维细胞的特征基因表达。

科研人员大多希望能够在 CNS 上发表自己的研究结果，但是想要走「大样本量构建精细化细胞图谱」的途径不太现实，「大样本」所需要的经费不是所有人可以承受的；而「特殊样本」的方案属于可遇不可求，科学研究不是一朝一夕的事情，并非随便换个模型就能有突破性进展。

因此，对于大多数科研人员而言，在自己感兴趣的领域中进行深耕，获得重大性突破，并严格验证相关结果，可能是明智的选择（「科研，有时就是水磨的，急不来」——想起我导师的口头禅）。

这时，需要大家注意，想要发表 CNS，验证方案的严格性是十分重要的。否则，再有意义的发现，也无法经得起审稿人的质疑。

通过 scRNA-seq 获得高通量的单细胞转录组数据后，利用原位组织学验证是目前流行的研究策略，也是对单细胞测序结果筛选出的有价值分子的空间分布定位回溯以及结果真实性的验证。

但是常规的原位组织验证具有很多缺陷——由于这其中的很多原位待检测分子属于新发现的靶点，缺乏有效的免疫组化抗体；也存在一些例如 GPCR、离子通道这类无法制备免疫组化抗体的靶点；而对于分泌型细胞因子由于其合成后被第一时间排出到细胞外，故无法通过免疫组化方式定位分泌细胞；包括长链非编码 RNA 在内的一些靶点则不可能使用免疫组化的原位检测方法进行靶点追踪。