对2002个肿瘤的蛋白质组学研究确定了14种癌症的

作者：杨超月

　　一项新的研究分析了来自14种组织癌症类型的2,002个原发性肿瘤的蛋白质水平，确定了11种不同的分子亚型，提供了系统知识，极大地扩展了可搜索的在线数据库，该数据库已成为全球用户癌症数据分析的首选平台。

　　阿拉巴马大学伯明翰分校癌症数据分析门户网站（UALCAN）于2017年开发并发布给公众，作为泛癌组学数据分析的用户友好门户，包括转录组学、表观遗传学和蛋白质组学。UALCAN有100多个国家的研究人员进行了近92万次现场访问，并被引用超过2750次。

　　UAB病理学系分子和细胞病理学系教授、UAB翻译肿瘤病理学研究项目主任Sooryanarayana Varambally博士说，UALCAN致力于以用户友好的格式向研究人员和临床医生分发全面的癌症数据，以便在干草堆中发现和发现针头。癌症检测、诊断、治疗、治疗和研究需要全球团队的努力，理解所涉及的大量数据需要一种分析和解释这些数据的方法。

　　癌症是一种复杂的疾病，其发病、进展和转移，扩散到遥远的器官，涉及每种癌症的动态分子变化。除了一些常见的基因组事件外，单个癌症患者还表现出差异。

　　在这项新研究中，Varambally与德克萨斯州休斯顿贝勒医学院的长期合作者Chad Creighton博士合作。Creighton领导了蛋白质组学研究，该研究发表在《自然通讯》上，“2002年人类癌症的蛋白质基因组特征揭示了泛癌分子亚型和相关途径。”这扩展了2019年和2021年发表的两项早期蛋白质组学研究。

　　此前，该团队进行了RNA转录物分析，通过UALCAN向研究人员提供数据，以确定各种形式的癌症用于帮助生长、传播和攻击性的途径。通过最近的这项研究，该团队进行了并纳入了大规模的蛋白质组学分析。这些数据和结果为进一步研究和可能的治疗干预措施提供了新的想法。

　　蛋白质组是在细胞或组织中表达的蛋白质的补体，可以通过质谱法的最新技术进步定量测量。在细胞中，DNA产生mRNA，mRNA产生蛋白质，这一过程被称为分子生物学的核心教条。蛋白质是细胞的主要功能性，对细胞代谢、结构、生长、信号传导和运动至关重要。

　　UALCAN蛋白质组数据集中显示的癌症类型包括乳腺癌、结直肠癌、胃癌、胶质母细胞瘤、头颈癌、肝癌、肺鳞癌、卵巢癌、胰腺癌、小脑癌、前列腺癌、肾癌和子宫癌。在研究中，每种癌症类型的肿瘤数量从76到230不等，平均为143个。有趣的是，目前的研究发现，泛癌、基于蛋白质组的亚型跨越了肿瘤谱系。

　　简编蛋白质组数据集来自17项个人研究。大多数这些肿瘤都有相应的多组学数据，包括mRNA水平、DNA体细胞小突变和插入/缺失，以及DNA体细胞拷贝数的改变。

　　一般来说，研究人员发现，基因在肿瘤中的蛋白质表达与相应的mRNA水平或拷贝数变化大致相关。然而，有一些明显的例外。

　　他们确定了11种不同的基于蛋白质组的泛癌亚型——从s1到s11——这些亚型可以深入了解使它们成为癌症的肿瘤中放松管制的途径和过程。每个亚型跨越多种基于组织的癌症类型，尽管亚型s11是脑肿瘤特有的，包括胶质母细胞瘤和儿科脑肿瘤。

　　每个亚型都表达了特定的基因类别，其中一些以前在之前不太全面的蛋白质组学研究中看到过。三种亚型显示了新的基因类别：具有“轴突引导”和“卷曲结合”基因的s7亚型，具有“DNA修复”和“染色质组织”基因的亚型s10，以及具有“突触”、“树突”和“轴突”基因的亚型s11。

　　在DNA层面，该研究详细介绍了蛋白质组亚型在基因总体拷贝数变化方面的差异，以及与更高通路活性相关的亚型的体细胞突变，如蛋白质组或转录组数据推断的那样。

　　Varambally说，我们的研究结果为了解蛋白质组一级癌症的分子景观提供了一个框架，以整合数据与其他癌症分子相关性进行比较。“相关数据集和基因级关联是研究界的资源，包括帮助确定功能研究的基因候选者，并进一步开发候选者作为特定癌症子集的诊断标志物或治疗靶点。

　　此外，这项研究强化了癌症应该在蛋白质水平上进行全面调查的概念，尽管肿瘤的表达特征分析历来大多局限于RNA转录水平。这个不断发展的癌症数据分析平台中的许多分析都是基于用户或专家的要求，团队感谢研究人员的支持和鼓励，他们使用该平台做出有助于癌症研究的发现。”

　　UAB站点的一些大型数据集是由癌症基因组图集（TCGA）和国家癌症研究所的临床蛋白质组肿瘤分析联盟（CPTAC）等财团生成的。

　　癌症的精确靶向需要识别个体或亚类特异性基因组和分子变化。为了帮助癌症研究人员进行各种数据分析，以更好地了解这些大型数据集，Darshan Shimoga Chandrashekar博士在Varambally的指导下领导了UALCAN门户网站的开发。这个不断发展的门户网站的更新最近在Neopasia上发布。