什么？连这些好用的在线分析工具都不知道，你
什么？连这些好用的在线分析工具都不知道，你还研究什么自噬？
2022-04-01 08:52 来源: 小张聊科研
原标题：什么？连这些好用的在线分析工具都不知道，你还研究什么自噬？
撰写： 子肖 来源：小张聊科研平台的“科研讲坛”公众号，微信公众号搜索“科研讲坛”即可关注/扫描关注见文末
虽然2016年自噬就捧走了诺贝尔生理学或医学奖，但是自噬仍然是时下生命科学领域的前沿研究方向，热度一直有增无减。目前，很多研究团队围绕自噬相关研究开发了不少线上工具，用得好的话对于大家的自噬研究无疑大有帮助。下面笔者就所知的一些线上工具做一简要介绍，相信只要你在做或者想做自噬相关研究，总会有一款线上工具适合你。
THANATOS数据库
THANATOS数据库囊括了164种真核生物191543种与凋亡（apopotosis）、坏死（necrosis）和自噬（autophagy）相关的蛋白。该数据库主要从已经发表的研究论文中收集自噬和死亡相关通路的蛋白信息，并据此建立复杂的蛋白调控网络。除了可以查询某个自噬相关蛋白的序列信息，该数据库还可以查找目标蛋白已经鉴定的蛋白翻译后修饰（PTM）和基于目标蛋白的蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络。另外，依托该数据库，用户还可以比较自己感兴趣的某个蛋白或者某条信号通路在不同物种之间的保守性。
网址：
人类自噬数据库
人类自噬数据库（human autophagy databse, HADb）收入了200多个与自噬密切相关的人类自噬相关基因/蛋白的信息。其中，基因的信息包括DNA序列、mRNA序列和已知的各种转录本等等。笔者个人觉得该数据库比较有价值的是总结了自噬相关蛋白含有的基序（motif）和结构域（domain）。笔者以UBA结构域为例进行检索，马上就可以知道自噬受体SQSTM1和NBR1都含有UBA结构域，并且哪一段氨基酸序列属于UBA结构域也会清晰明了地标注出来。
网址：
iLIR数据库
LC3/Atg8家族蛋白在自噬通路中发挥重要作用，很多自噬相关蛋白都需要通过与LC3/Atg8家族蛋白相互作用发挥功能。目前，绝大部分与LC3/Atg8家族蛋白存在相互作用的蛋白均含有一段保守的LIR（LC3-interacting region）基序。iLIR数据库不仅收集了目前已经知道的含有LIR基序的蛋白，而且可以预测特定蛋白是否含有潜在的LIR基序，并给出一定的分数。一般分数越高，与LC3/Atg8家族蛋白存在相互作用的可能性就越大。
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癌症中自噬基因拷贝数变化预测
在很多癌症中，一些癌基因拷贝数的增加在癌症的发生发展中发挥关键作用。如臭名昭著的癌基因c-Myc，在很多的癌症类型中都存在拷贝数增加的情况。自噬与癌症的关系目前也是自噬领域研究的热点之一。加州大学圣地亚哥分校（UCSD）的研究团队开发了一款线上数据库，可以预测不同类型癌症中主要自噬相关基因拷贝数的变化情况。笔者以肝癌为例进行了检索，结果显示，在肝癌中，自噬存在单倍剂量不足（haploinsufficient）的情况。也就是说，自噬相关基因在肝癌中整体呈现出拷贝数减少的状态。
网址：https://delaney.shinyapps.io/haptrig_single_pathway_networks/
自噬与疾病数据库
自噬与疾病数据库（autophagy to disease, ATD）主要从已经发表的研究文献中总结自噬相关蛋白与疾病的关系。根据ATD数据库总结的信息，自噬与呼吸系统相关疾病、消化系统相关疾病、神经退行性疾病和多种癌症之间的关系最为密切。另外，有些关键的自噬相关蛋白，常常参与多种疾病的发生发展，如自噬受体SQSTM1便是如此。笔者以SQSTM1为例检索，发现SQSTM1至少与5种不同的疾病密切相关。
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