疫情中发挥重要作用的宏基因组测序，在本季度
原创 许梦翘 IT桔子
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来源：IT桔子（itjuzi521）
基因测序技术在此次疫情中起到了至关重要的作用，我国科研单位在一个月之内迅速发现了正确的致病病毒并完成测序，得到了 WHO「创纪录短的时间」的赞许。我国科学研究者对病毒序列、变异、核酸检测手段的分享也为全世界应对 COVID-19 疫情带来了极有力的支持。
在病毒检测过程中，一种测序技术获得了市场的广泛关注，这个技术就是宏基因组测序（mNGS）技术。宏基因组学（Metagenomics），是以特定环境样品中整个微生物群落基因组作为研究对象，无需分离培养，直接提取环境样本的 DNA 进行高通量测序。对于临床而言，mNGS 可以精准的分析患者样本全部微生物，这一点对于感染性疾病的病原体研究具有极高的应用价值。
尤其是在未知传染病的病原体检测方面，传统的体液培养等检测方式整体效率、阳性率低下，PCR 检测也局限于已知的病原微生物基因序列，能够精准分析病原体并能够高通量测序的 mNGS 具有强大的优势。mNGS 的这两大优势也令其在这次新冠肺炎的病毒检测中发挥出色。
一些是上市公司在此次疫情中采用了宏基因组测序技术，比如华大基因，该公司早在 2010 年便采用宏基因组测序这一新型测序手段对当时国内爆发的新布尼亚病毒。另外一家上市公司贝瑞基因在此次疫情中也研发的新型冠状病毒试剂盒，基于其第三代单分子测序技术平台（PacBio 技术平台），也可一次完成 96 人份样品的病毒宏基因组测序。
宏基因组测序在一年多的时间里也受到了资本市场的广泛关注，疫情发生之后，全球宏基因组测序市场又有多家公司在本季度获得投资。
Karius 成立于 2014 年，是一家专注于微生物 mNGS 测序技术的公司。该公司 2 月 24 日宣布已获得软银愿景基金领投的 1.65 亿美元的 B 轮融资，General Catalyst 和 HBM 以及现有投资者 Khosla Ventures 和 LightSpeed Venture Partners 也参与了此次融资。
该公司使用全自动设备处理标本，该设备可以从血浆中分离微生物无细胞核酸（mcfDNA），使用特有工艺去除不必要的人类 DNA，然后对样本进行测序，并使用机器学习等手段对数十种实时数百万个数据点来识别匹配项。这种核酸是病原微生物在血液中留下的「痕迹」，通过对这些痕迹进行测序，便可以分析出感染的病原情况。该技术可以识别和量化 1250 种临床相关的病原菌，包括细菌、真菌和寄生虫等。
2019 年 2 月 Karius 在 Nature Microbiology 发表名为「Analytical and clinical validation of a microbial cell-free DNA sequencing test for infectious disease」的研究结果。该研究将 Karius 测试的功效与传统病原体检测手段进行了对比，结果表明 Karius 的基于 mcfDNA 宏基因组测序对病原体的识别速率比普通血液培养快三倍，同时测试结果高度准确对于每微升血浆中仅贡献 50 个 cfDNA 片段的生物，分析灵敏度就高达 95％以上，每种病原体的分析特异性也高于 99.99％。
杰毅生物
杰毅生物近日宣布完成近亿元人民币 Pre-A 轮融资，投资方包括比邻星创投、普华资本和体外诊断资深产业人士等。资金将用于病原宏基因组 mNGS 相关设备及试剂盒的注册报证、检测服务网络建设等。
杰毅生物由贝瑞基因创始团队成员王珺博士和浙江大健康产业基金原合伙人钟杰先生共同发起成立，公司围绕基因编辑（CRISPR/Cas）和高通量测序（NGS）两大前沿技术路线，自主研发了一系列病原宏基因组 mNGS 自动化检测仪器和研策试剂。
该公司在今年 2 月中旬与阿里云签订合作协议，将基因测序技术与 AI 技术交叉融合，全面研究并推动病原微生物宏基因组在感染性疾病检测领域的临床应用，利用云计算的优势降低流程时间，提高数据分析的速度。
疫情期间，杰毅生物完成了武汉金银潭医院本地化宏基因组测序中心的搭建，该中心配备的 Illumina 高通量测序仪和杰毅生物自主研发的病原宏基因组一体化建库仪，可实现送检的样本放入生物安全柜中自动运行，将原本十几个小时的手工操作，缩短到 2 个小时全自动无人值守完成，再通过高通量测序进行检测，在 16.5 小时内，检测覆盖细菌、真菌等 16000 多种病原体。
予果生物
2020 年 2 月 25 日，予果生物完成来自北极光创投的天使轮投资，之后产业基金、金融机构对其持续注资，累计融资近亿元。本轮融资将用于开拓和教育市场、扩充团队、试剂盒报证以及持续投入更多新产品研发。
予果生物成立于 2017 年，专注于微生物核酸检测，专注于将宏基因组技术应用于病原感染诊断。该公司先后在北京、西安、广州、南京建立了微生物基因技术检测中心、医学检验所、交付中心。基于其自主研发的云端病原微生物数据分析系统 PACE（Pathogen Capture Engine），予果生物可对脑脊液、血液、肺泡灌洗液、无菌体液、组织等临床样本进行病原微生物 DNA 及 RNA 序列测定，能够快速、准确、客观地检测出临床样本中的多种微生物，无需培养或特异性扩增。
目前予果生物已为全国超过 300 多家三甲医院提供临床检测、筛查、咨询服务。并且在运用宏基因组测序方法检测的样本量位居全球前列，样本总数居国内第二，其中脑脊液检测量位列全球前二强。
除了传染病的应用场景之外，利用 mNGS 还可以对菌群进行菌株鉴定分型、耐药基因与毒力基因的检测，适用于抗感染治疗、院内感染管理的评估。在越来越多的证据表明微生物对人体免疫系统能够产生影响，以及微生物菌群会参与到神经退行性疾病、糖尿病等疾病的发生发展当中，微生物疗法获得了越来越多的关注，而 mNGS 未来也可以为人们深入分析人体菌群微生态、研究微生物疗法提供一种可靠的技术手段。
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原标题：《疫情中发挥重要作用的「宏基因组测序」，在本季度获得资本追捧》
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