测序数据再利用，轻松发3分+小文章，这种思路一定要知道！
DNA是生物携带遗传信息的载体。在高等植物细胞内除了起主要遗传作用的细胞核染色体携带遗传信息之外，还有两个具有半自主遗传体系的细胞器——叶绿体和线粒体携带相关的遗传信息。从1986年首次获得烟草和地钱的叶绿体基因组及1992年首次获得地钱的线粒体基因组完整序列以来，叶绿体及线粒体基因组数据迅速增加充实。由加拿大科学家发起的“细胞器基因组测序计划”及其进一步的实施，更是促进了大批量物种的叶绿体及线粒体基因组测序的步伐。
植物的细胞器（叶绿体和线粒体）基因组序列为研究植物分子生态及进化提供了重要的资源和信息。随着高通量测序技术的发展，越来越多的植物全基因组被测序。然而，由于植物的细胞器基因组难于和核基因组分离，这使植物中单独分离纯化细胞器测序变的非常麻烦、困难及耗时长。因此，能从植物全基因组测序数据中组装叶绿体及线粒体基因组变的非常重要。截至 2021 年底，约有 973 篇文章报道了植物全基因组精细图和草图的绘制，涉及 893 个不同的物种。截止目前，植物叶绿体种及种下物种已公布7992个数据，植物线粒体基因组已公布468个左右。日前公司收集了已公布的植物基因组信息，包括未组装注释和已组装注释的叶绿体线粒体基因组。
图1截止到2022年5月网站已公布植物基因组信息表（部分）
备注细胞器细胞器网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/browse#!/organelles/
基因组网站：
南京集思慧远巴西vs瑞士让球 公司是是一家专业从事高通量生物检测服务的企业，在植物叶绿体线粒体测序组装组注释中已积累丰富的经验，先后测序了几百种植物叶绿体线粒体基因组，同时公司还有线粒体基因组组装专利，是目前国内细胞器基因组测序的“领航”公司之一。公司目前已发表细胞器文章200余篇，分别发表在不同的杂志上，如《Genomics》、《Horticulture Research》、《InteRNAtional JouRNAl of Molecular Sciences》、《Ecology and Evolution》、《Frontiers in Genetics》、《BMC Plant Biology》、《genes》等。
下面给客户分享两篇客户先做完基因组denovo，同时组装注释线粒体基因组的文章：
2020年8月江苏农科院休闲农业研究所课题组发表了题目为“The Acer truncatum genome provides insights into the nervonic acid biosynthesis”元宝枫基因组。同时利用基因组数据组装注释元宝枫线粒体，2022年1月在《BMC Plant Biology》期刊发表题为“Assembly and comparative analysis of the first complete mitochondrial genome of Acer truncatum Bunge: a woody oil-tree species producing nervonic acid”。2019年12月浙江大学发表题为“The persimmon (Diospyros oleifera Cheng) genome provides new insights into the inheritance of astringency and ancestral evoluti”油柿基因组。同时利用基因组数据组装注释线粒体基因组，2022年6月30日在《Heliyon》发表题为“Characterization and phylogenetic analysis of the complete mitochondrial genome sequence of Diospyros oleifera, the first representative from the family Ebenaceae”×
元宝枫完整线粒体基因组的组装和比较分析
论文ID
IF：4.215（Q1）
期刊：BMC Plant Biology
时间：2022年1月13日
单位：江苏省农科院休闲农业研究所
原文链接：/doi.org/10.1186/s12870-021-03416-5
导 语
元宝枫是一种多用途、产油的木本树种，主要分布在中国北方、日本和韩国。它是药用化合物的潜在来源，包括类黄酮、生物碱、单宁和萜类化合物。此外，元宝枫籽油含有约90%的不饱和脂肪酸被列为新的食品资源。线粒体是细胞的“能量工厂”，主要功能是在活细胞中将生物质能转化为化学能。线粒体和叶绿体的DNA是母系遗传。另外核基因组和细胞器基因组之间的基因转移是植物进化过程中的普遍现象。随着测序和基因组组装技术的迅速发展，线粒体基因组信息越来越多，但比其他细胞器更复杂，更难组装。植物线粒体基因组具有物种特异性，在长度、基因顺序和基因含量上存在很大差异，基因组大小从66kb-11.3 Mb不等，大部分物种大小是200–800 kb。基因组大小的差异主要是由于重复序列重组以及其他生物体的外源DNA。重复序列包括SSR、串联重复、散在重复。SSR是植物有丝分裂基因组中鉴定物种的常用分子标记。此外，线粒体基因组内的插入/缺失（INDEL）和单核苷酸多态性（SNPs）用于区分物种及系统发育分析。
结 果
基因组特征
上一篇：他因感冒研究自己的鼻涕黏液，意外发现青霉素
下一篇：测序数据再利用，轻松发3分+小文章，这种思路一定要知道！