脊髓损伤后表达稳定的Ankrd27、Ubc与Tbp基因是最合



脊髓损伤后表达稳定的Ankrd27、Ubc与Tbp基因是最合适的内参基因

2021-12-21 13:28 来源: 中国神经再生研究杂志

原标题:脊髓损伤后表达稳定的Ankrd27、Ubc与Tbp基因是最合适的内参基因

中国南通大学刘威等的最新研究利用大鼠脊髓损伤模型,系统分析了13种常用内参基因在脊髓损伤后不同时间点的表达稳定性,还探讨了内参基因的稳定性对于目的基因表达的影响。该研究结果为大鼠脊髓损伤研究中内参基因的选择提供了有价值的参考。

基因表达分析已成为神经损伤与修复研究领域的常用手段,为消除不同样本在RNA产量、质量以及反转录效率上可能存在的差异,在基因表达分析研究中,通常会用表达稳定的内参基因对目的基因的表达量进行校正和标准化,以期获得目的基因特异性表达的真实水平。目前脊髓损伤研究中对于内参基因的选择,大多是基于文献或者实验者自身的经验。但是脊髓损伤后内参基因的真实表达情况究竟如何,尚缺乏系统性的研究。大量研究表明,常用的内参基因在不同组织、细胞以及不同实验条件下表达量并非持续稳定,甚至差别很大。因此盲目使用未经鉴定的内参基因,可能会得出错误的实验结果。

刘威等此次实验利用了脊髓半横断模型大鼠,系统评价了13个常用内参基因的表达稳定性,发现大鼠脊髓损伤后,在显著的细胞及分子生物学变化背后,通常情况下认为稳定表达的内参基因,其表达水平亦发生了不同程度的改变。通过实时定量实时反转录聚合酶链反应结合生物学分析软件geNorm及NormFinder进行评价,发现Ankrd27、Ubc以及Tbp在大鼠脊髓损伤后表达较为稳定,而Actb则是表达最不稳定的内参基因。进一步以Ankrd27、Ubc、Tbp以及Actb作为内参,探讨稳定性不同的内参基因对目的基因表达水平的影响,结果显示Ankrd27、Ubc与Tbp作内参,目的基因的表达水平与趋势基本一致,而采用Actb作内参则得出不同的检测结果。因此在脊髓损伤后的研究中建议使用Ankrd27、Ubc与Tbp作内参。

这项成果撰写的文章发表在《中国神经再生研究(英文版)》杂志2022年6期。

文章摘要:目前脊髓损伤实时反转录聚合酶链式反应研究中对于内参基因的选择,大多是基于文献或者实验者自身的经验。但是脊髓损伤后内参基因的真实表达情况究竟如何,尚缺乏系统性的研究。实验利用了脊髓半横断模型大鼠,分析了18S,Actb,Ankrd27,CypA,Gapdh,Hprt,Mrpl10,Pgk1,Rictor,Tbp,Ubc,Ubxn11和 Ywhaz 共13种内参基因表达的稳定性。结果发现:(1)Ankrd27、Ubc以及Tbp在大鼠脊髓损伤后表达较为稳定,而Actb则是表达最不稳定的内参基因。(2)进一步以Ankrd27、Ubc、Tbp以及Actb作为内参,探讨稳定性不同的内参基因对目的基因表达水平的影响,结果显示Ankrd27、Ubc与Tbp作内参,目的基因的表达水平与趋势基本一致,而采用Actb作内参则得出不同的检测结果。(3)作者认为,在脊髓损伤后的实时反转录聚合酶链式反应研究中,建议使用Ankrd27、Ubc与Tbp作内参。实验于2018年3月4日经江苏省实验动物伦理委员会批准(批准号20180304-008)。

文章关键词:脊髓损伤;管家基因;内参基因;基因表达稳定性;标准化;定量实时反转录聚合酶链反应;geNorm分析;NormFinder分析

文章来源: Liu W, Yu J, Wang YF, Shan QQ, Wang YX (2022) Selection of suitable internal controls for gene expression normalization in rats with spinal cord injury. Neural Regen Res 17(6):1387-1392.返回搜狐,查看更多




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