《自然·通讯》：肉瘤患者更应接受NGS检测，约
《自然·通讯》：肉瘤患者更应接受NGS检测，约1/3患者携带潜在可操作突变！
2022-07-08 11:38 来源: 周叔说生活
原标题：《自然·通讯》：肉瘤患者更应接受NGS检测，约1/3患者携带潜在可操作突变！
来源：基因talks
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肉瘤的遗传学、生物学和临床异质性对确定治疗靶点、临床研究和推进患者护理提出了挑战。由于肉瘤亚型超过了70种，但深入的遗传学研究往往集中在一种或几种亚型上。近日，《自然·通讯》报告了代表44种肉瘤亚型的7,494名成人和儿童肉瘤患者的NGS检测数据，发现约1/3的患者携带潜在可操作突变。该研究数据表明，基于NGS的基因组分析有益于肉瘤患者的临床管理，并对其精确诊断、预后、治疗决策和结果产生重要影响，支持在肉瘤患者中更广泛地使用NGS检测。
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肉瘤是一种源于间叶组织的恶性肿瘤，可发生于身体的任何部位，例如骨骼（骨肿瘤）或软组织（软组织肿瘤） ，并表现出从惰性到侵袭性的一系列临床行为。其次，肉瘤也是一种罕见肿瘤，在成人实体恶性肿瘤中的比例约为1%，在儿童实体恶性肿瘤中的比例约为20%。1 由于其罕见性和异质性，肉瘤对准确诊断、预后和治疗提出了特殊挑战。例如，肉瘤的诊断错误仍然非常普遍，即使在专业的肉瘤病理学家中，错误率也高达25%。2,3,4
2022年6月15日，《Nature Commnications》（自然·通讯）报告了代表44种肉瘤亚型的7,494名成人和儿童肉瘤患者的NGS检测数据，发现：1）多达10.5%的肉瘤患者病理结果可能不正确或可以改进；2）约1/3（31.7%）的肉瘤患者携带有潜在的可操作突变，其中2.6%的激酶基因重排，3.9%的TMB≥10 mut/Mb，0.3%的MSI-H，2.1%的dMMR等。 6 该研究数据表明，基于NGS的基因组分析有益于肉瘤患者的临床管理，并对其精确诊断、预后、治疗决策和结果产生重要影响，支持在肉瘤患者中更广泛地使用NGS检测。
检测方法：F1HEME（DNA+RNA测序，适用于需要RNA测序的肉瘤及血液系统恶性肿瘤，DNA层面：465基因全外+31基因内含子，RNA层面：333基因），对肿瘤组织进行tumor-only测序。平均计算肿瘤纯度为 56.5%，测序深度为 704X。
检测样本：2012-2018年期间的7,494名肉瘤患者样本。其中，软组织肉瘤、骨肉瘤和“其他”肉瘤分别占 81.0%，14.7% 和 4.3%。年龄覆盖1-89岁。
▲ 7,494名肉瘤患者的骨肉瘤和软组织肉瘤分布情况
NGS辅助诊断
根据NGS检测结果，研究人员估计有789名（10.5%）肉瘤患者的病理诊断可能不正确或可能受益于进一步的诊断评估。重新分类主要是由于检测到高度组织学特异性和复发性特征易位或变异。对于这些患者来说，TA们错过了得到正确诊断的机会，所以可能接受了治疗 过度、治疗不足或治疗不当的情况。
▲ 桑基图显示：10.5%的肉瘤患者样本信息得到诊断校正
NGS指导治疗
根据NGS检测结果，约1/3（31.7%）的肉瘤患者携带有至少一种可操作突变（研究人员应用了FDA认可的OncoKB基因变异数据库对NGS检测结果进行了可操作突变划分：1-4级，大多数为3级状态 ），即可能影响治疗决策的改变（包括药物敏感和耐药性突变）， 其中，5.9%的患者符合使用美国FDA批准用于特定肉瘤类型（oncoKB 1级）的药物。
▲ 44种肉瘤亚型中体细胞变异的临床可操作性证据
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