炒鸡实用！小儿肿瘤研究的福音！用这个数据库
炒鸡实用！小儿肿瘤研究的福音！用这个数据库就够了！应有尽有！
2022-04-12 16:33 来源: Happy Eng Class
原标题：炒鸡实用！小儿肿瘤研究的福音！用这个数据库就够了！应有尽有！
PCAT数据库
基于转录组数据的小儿肿瘤基因变异、药物应答及临床相关性信息数据库
嗨，小伙伴们大家好啊！前面给大家介绍过Treehouse儿童肿瘤样本数据库，为奋战在小儿肿瘤相关研究领域的小伙伴们提供很大帮助，新的一周带领大家再学习一款基于转录组数据的小儿肿瘤基因变异、药物应答及临床相关性信息数据库——PCAT数据库，一起来嗨吧~！
▌期刊信息
▌数据库概览
PCAT数据库（?home）由Greehey儿童肿瘤研究所于2021年1月发布在Nucleic Acids Res杂志，当前版本PCAT数据库收录324个肿瘤患者来源的细胞模型（Patient Derived Xenograft, PDX）及其相关基因表达、突变和拷贝数变异信息，收录自2008年以来发布的68个PDX对79种药物应答临床前测试数据，以及基于TARGET项目的肿瘤基因表达与临床相关性信息，为基于转录组水平探讨小儿肿瘤发病及其药物治疗相关机制研究提供极大便利。
右上角点击Portal进入数据库功能页面，提供数据检索、单基因分析和多基因分析功能。点击Documentation查看数据库相关介绍，提供常见问题答疑。
▌数据库核心功能及操作演示
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Resources模块
Resources模块用于检索324个肿瘤患者来源的细胞模型（Patient Derived Xenograft, PDX）及其相关基因表达、突变和拷贝数变异信息，以及小儿肿瘤相关融合基因信息。
（1）PDX Search
点击PDX Search进入检索页面，Choose a variant部分选择clinical，再选择感兴趣疾病，以检索神经母细胞瘤Neuroblastoma相关信息为例。表格展示PCAT数据库中神经母细胞瘤样本信息，提供样本ID、组织类型、性别、疾病阶段、年龄和肿瘤部位等信息。可选择多个感兴趣的样本，表格下方提供数据下载功能。以sample_id为COG-N-424x样本为例，点击查看详细信息。
Patient Detail部分展示样本COG-N-424x来源的患者详细信息，提供较详细的疾病诊断、复发及生存时间等信息。
Sample Detail部分展示样本COG-N-424x详细信息，提供肿瘤原发部位、取材部位、疾病分期、风险分组、药物治疗和细胞系等信息。
Mutation部分为样本COG-N-424x检测到的基因表达、突变和拷贝数变异等信息。
样本COG-N-424x暂无融合基因和药物应答信息。以样本CHLA-79为例，在Preclinical部分展示肿瘤药物应答情况，表格提供药物名称及别称、药物反应等级、药物作用机制及其参考文献等信息。
关于肿瘤药物应到反应情况，分为六个级别：疾病进展1（PD1）、疾病进展2（PD2）、病情稳定（SD）、部分反应（PR）、完全反应（CR）和维持完全反应（MCR）。关于每个级别的具体描述如下：
在PDX Search检索页面，Choose a variant部分还可以选择mutation或fusion检索具体某个基因，或选择drug检索某种药物。
（2）Fusion Search
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