2022年复旦大学，华大等在Nature Genetics发表12项研

作者：张馨予

截至 2022 年 5 月 10 日，中国学者在Nature Genetics 共计发表了 12 项研究成果，iNature 系统总结这些研究成果：

【1】2022 年 5 月 9 日，贝勒医学院 Margaret A. Goodell 团队（贝勒医学院 Gu Tianpeng 及哈尔滨医科大学郝大鹏为该文章的共同第一作者）在Nature Genetics 在线发表题为 "The disordered N-terminal domain of DNMT3A recognizes H2AK119ub and is required for postnatal development" 的研究论文，该研究报告长亚型 DNMT3A1，但不是短 DNMT3A2，对小鼠出生后发育至关重要。DNMT3A1 结合并调节大脑中的二价神经发育基因。引人注目的是，神经系统中的 DNMT3A1 恢复可以部分挽救 Dnmt3a1 敲除围产期致死率。进一步表明，DNMT3A1 本质上无序的 N 末端是 DNMT3A1 富集区域的正常发育和 DNA 甲基化所必需的。从机制上讲，嵌入在 N 末端推定的 α - 螺旋中的泛素相互作用基序与单泛素化组蛋白 H2AK119 结合，可能介导 DNMT3A1 向 Polycomb 调节区域的募集。这些数据证明了 DNMT3A1 在小鼠出生后发育中的作用，并揭示了 N 末端是 DNMT3A1 染色质占据和神经系统功能的必要调节域。

【2】2022 年 5 月 5 日，哈佛医学院 Ge Tian，黄海亮及上海交通大学秦胜营共同通讯在Nature Genetics 在线发表题为 "Improving polygenic prediction in ancestrally diverse populations" 的研究论文，该研究提出了一种新的 PRS 构建方法 PRS-CSx，它通过整合来自多个群体的 GWAS 汇总统计数据来改进跨群体多基因预测。PRS-CSx 通过共享的连续收缩 ( CS ) 先验在群体之间耦合遗传效应，通过在汇总统计数据之间共享信息和利用发现样本之间的连锁不平衡多样性来实现更准确的效应大小估计，同时继承 PRS-CS 的计算效率和稳健性。该研究表明，PRS-CSx 在具有广泛遗传结构、跨群体遗传重叠和发现 GWAS 样本量的模拟中优于跨性状的替代方法，并改进了对非欧洲人群数量性状和精神分裂症风险的预测。

【3】2022 年 4 月 28 日，中国农业科学院油料作物研究所伍晓明和诺禾致源田仕林共同通讯（胡继宏、陈碧云、张付贵、谢婷、许鲲和赵静为论文共同第一作者）在Nature Genetics 上在线发表题为 "Genomic selection and genetic architecture of agronomic traits during modern rapeseed breeding" 的研究论文，该研究基于 418 个不同油菜种质的全基因组重测序，在育种过程中对油菜进行了全面的基因组评估。该研究揭示了选择适应性和农艺性状的基因组基础。全基因组关联研究确定了 628 个与位点相关的致病候选基因，用于 56 个重要的农艺性状，包括植物结构和产量性状。此外，该研究发现了农艺性状的合理候选基因中的非同义突变，在整个改进过程中等位基因频率分布存在显著差异，包括种子重量的核糖体回收因子 ( BnRRF ) 基因。本研究为改进油菜品种的基因组基础提供了见解，并为基因组辅助油菜育种提供了宝贵的基因组资源。

【4】2022 年 4 月 11 日，阿尔伯特 · 爱因斯坦医学院 Jan Vijg（杨 · 维吉，上海交大医学院单细胞组学与疾病研究中心主任）等团队在Nature Genetics 在线发表题为 " Single-cell analysis of somatic mutations in human bronchial epithelial cells in relation to aging and smoking " 的研究文章，该研究对 33 名年龄在 11 至 86 岁之间、吸烟史从不吸烟到 116 包年（每天吸烟的包数 x 吸烟年数）不等的参与者进行近端支气管基底细胞的单细胞全基因组测序。该研究发现从不吸烟者的单核苷酸变异和小插入和缺失的频率随着实际年龄的增长而增加，吸烟者的突变频率显著升高。当与吸烟进行包 / 年作图时，突变跟随癌症风险的线性增加，直到大约 23 包年，之后没有观察到突变频率进一步增加，这表明个体选择避免突变。已知的肺癌定义的突变特征与年龄和吸烟有关。没有观察到肺癌驱动基因中体细胞突变的显著富集。

【5】2022 年 4 月 7 日，中科院上海营养与健康研究所汪思佳，李嘉睿及复旦大学金力共同通讯（张曼菲、吴思杰、杜思源及钱微为该论文共同第一作者）在Nature Genetics 在线发表题为 "Genetic variants underlying differences in facial morphology in East Asian and European populations" 的研究论文，该研究将数据驱动的表型分析和多变量全基因组扫描方法应用于具有东亚血统 ( EAS ) 个体的大量 3D 面部图像，在 166 个基因座（62 个新）中发现了与典型范围面部相关的 244 个变体变化。一项新提出的多基因形状分析表明，EAS 中变体对面部形状的影响可以推广到 EUR。基于此，该研究进一步确定了与 EUR 和 EAS 人群面部形状差异相关的 13 个变体。进化分析表明，EUR 和 EAS 种群之间鼻子形状的差异是由定向选择引起的，主要是由于欧洲人的局部适应。该研究结果说明了不同人群面部差异的潜在遗传基础。